The BioGRID interaction database: 2013 update.
The BioGRID interaction database: 2013 update.
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DOI：
10.1093/nar/gks1158
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tyers M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chatr-Aryamontri A;Breitkreutz BJ;Heinicke S;Boucher L;Winter A;Stark C;Nixon J;Ramage L;Kolas N;O'Donnell L;Reguly T;Breitkreutz A;Sellam A;Chen D;Chang C;Rust J;Livstone M;Oughtred R;Dolinski K;Tyers M
相互作用数据集生物总库(BioGRID：http//thebiogrid.org)是一个开放获取的遗传和蛋白质相互作用档案，这些档案是从所有主要模式生物物种的主要生物医学文献中挑选出来的。截至2012年9月，BioGRID存储了来自30多个模式生物的500,000多个手动注释的相互作用。BioGRID保持对萌芽酵母酿酒酵母、裂殖酵母庞贝裂殖酵母和模式植物拟南芥的文献的完整管理。一些具有生物医学重要性领域的主题管理项目也得到了支持。BioGRID已经与大多数主要的模式生物数据库建立了合作和/或共享数据记录，用于注释相互作用和表型，包括酵母基因组数据库、PomBase、WormBase、FlyBase和拟南芥信息资源。BioGRID还积极与文本挖掘社区合作，对自动化工具进行基准测试和部署，以加快管理工作流程。BioGRID数据既可以通过用户定义的交互界面自由访问，也可以以各种格式批量下载，包括PSI-MI2.5和制表符分隔文件。BioGRID记录还可以使用一系列新的生物信息学工具进行查询和分析，其中包括翻译后修改查看器、图形查看器、REST服务和Cytoscape插件。
The Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID: http//thebiogrid.org) is an open access archive of genetic and protein interactions that are curated from the primary biomedical literature for all major model organism species. As of September 2012, BioGRID houses more than 500 000 manually annotated interactions from more than 30 model organisms. BioGRID maintains complete curation coverage of the literature for the budding yeast Saccharomyces cerevisiae, the fission yeast Schizosaccharomyces pombe and the model plant Arabidopsis thaliana. A number of themed curation projects in areas of biomedical importance are also supported. BioGRID has established collaborations and/or shares data records for the annotation of interactions and phenotypes with most major model organism databases, including Saccharomyces Genome Database, PomBase, WormBase, FlyBase and The Arabidopsis Information Resource. BioGRID also actively engages with the text-mining community to benchmark and deploy automated tools to expedite curation workflows. BioGRID data are freely accessible through both a user-defined interactive interface and in batch downloads in a wide variety of formats, including PSI-MI2.5 and tab-delimited files. BioGRID records can also be interrogated and analyzed with a series of new bioinformatics tools, which include a post-translational modification viewer, a graphical viewer, a REST service and a Cytoscape plugin.
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影响因子：
14.9
作者：
Benson DA;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
影响因子：
3
作者：
Chatr-Aryamontri A;Winter A;Perfetto L;Briganti L;Licata L;Iannuccelli M;Castagnoli L;Cesareni G;Tyers M
通讯作者：
Tyers M
影响因子：
64.8
作者：
Babu, Mohan;Vlasblom, James;Greenblatt, Jack F.
通讯作者：
Greenblatt, Jack F.
影响因子：
64.8
作者：
Howe, Doug;Costanzo, Maria;Fey, Petra;Gojobori, Takashi;Hannick, Linda;Hide, Winston;Hill, David P.;Kania, Renate;Schaeffer, Mary;St Pierre, Susan;Twigger, Simon;White, Owen;Rhee, Seung Yon
通讯作者：
Rhee, Seung Yon
影响因子：
64.8
作者：
LaCount, DJ;Vignali, M;Hughes, RE
通讯作者：
Hughes, RE