Integration of genomic sequencing into the response to the Ebola virus outbreak in Nord Kivu, Democratic Republic of the Congo.
Integration of genomic sequencing into the response to the Ebola virus outbreak in Nord Kivu, Democratic Republic of the Congo.
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DOI：
10.1038/s41591-021-01302-z
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发表时间：
2021-04
期刊：
影响因子：
82.9
通讯作者：
Tamfum JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kinganda-Lusamaki E;Black A;Mukadi DB;Hadfield J;Mbala-Kingebeni P;Pratt CB;Aziza A;Diagne MM;White B;Bisento N;Nsunda B;Akonga M;Faye M;Faye O;Edidi-Atani F;Matondo-Kuamfumu M;Mambu-Mbika F;Bulabula J;Di Paola N;Pauthner MG;Andersen KG;Palacios G;Delaporte E;Sall AA;Peeters M;Wiley MR;Ahuka-Mundeke S;Bedford T;Tamfum JM
2018年8月1日，刚果民主共和国宣布该国第十次爆发埃博拉病毒病。为了协助流行病学应对工作，国家生物化学研究所实施了端到端基因组监测系统，包括测序、生物信息学分析和向一线公共卫生工作者传播基因组流行病学结果。我们报告了2018年7月27日至2020年4月27日期间由这项监测工作产生的744个新基因组样本。加上以前可获得的序列数据（n = 48个基因组），这些数据占所分析期间刚果民主共和国所有实验室确诊埃博拉病毒感染的近24%。随着新序列的产生，我们从基因组数据中推断出时空传播动态，并传播结果以支持流行病学应对工作。在这里，我们概述了该基因组监测系统的功能，对北基伍省爆发的792个埃博拉基因组进行了完整的系统动力学分析，并讨论了基因组监测数据如何为应对工作和公共卫生决策提供信息。
On August 1, 2018, the Democratic Republic of the Congo declared its tenth Ebola virus disease outbreak. To aid the epidemiologic response, the Institut National de Recherche Biomédicale implemented an end-to-end genomic surveillance system, including sequencing, bioinformatic analysis, and dissemination of genomic epidemiologic results to frontline public health workers. We report 744 new genomes sampled between July 27, 2018 and April 27, 2020 generated by this surveillance effort. Together with previously available sequence data (n = 48 genomes), these data represent almost 24% of all laboratory-confirmed Ebola virus infections in DRC in the analyzed period. We inferred spatiotemporal transmission dynamics from the genomic data as new sequences were generated and disseminated the results to support epidemiologic response efforts. Here, we provide an overview of how this genomic surveillance system functioned, present a full phylodynamic analysis of 792 Ebola genomes from the Nord Kivu outbreak, and discuss how the genomic surveillance data informed response efforts and public health decision-making.
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影响因子：
5.3
作者：
Sagulenko P;Puller V;Neher RA
通讯作者：
Neher RA
影响因子：
10.7
作者：
Nguyen LT;Schmidt HA;von Haeseler A;Minh BQ
通讯作者：
Minh BQ
影响因子：
10.7
作者：
Katoh K;Standley DM
通讯作者：
Standley DM
影响因子：
5.3
作者：
Hall, Matthew D.;Woolhouse, Mark E. J.;Rambaut, Andrew
通讯作者：
Rambaut, Andrew
DOI：
10.1056/nejmoa1509773
发表时间：
2015-12-17
期刊：
The New England journal of medicine
影响因子：
--
作者：
Mate SE;Kugelman JR;Nyenswah TG;Ladner JT;Wiley MR;Cordier-Lassalle T;Christie A;Schroth GP;Gross SM;Davies-Wayne GJ;Shinde SA;Murugan R;Sieh SB;Badio M;Fakoli L;Taweh F;de Wit E;van Doremalen N;Munster VJ;Pettitt J;Prieto K;Humrighouse BW;Ströher U;DiClaro JW;Hensley LE;Schoepp RJ;Safronetz D;Fair J;Kuhn JH;Blackley DJ;Laney AS;Williams DE;Lo T;Gasasira A;Nichol ST;Formenty P;Kateh FN;De Cock KM;Bolay F;Sanchez-Lockhart M;Palacios G
通讯作者：
Palacios G