Ontology Development Kit: a toolkit for building, maintaining and standardizing biomedical ontologies.
Ontology Development Kit: a toolkit for building, maintaining and standardizing biomedical ontologies.
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DOI：
10.1093/database/baac087
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发表时间：
2022-10-08
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与管理软件包类似，管理本体生命周期涉及多个复杂的工作流程，例如准备发布、持续质量控制检查和依赖关系管理。为了管理这些过程，需要一组不同的工具，从命令行实用程序到强大的本体工程环境。特别是在生物医学领域，它已经开发了一套高度多样化但相互依赖的本体，标准化的发布实践和元数据，并建立共享的质量标准是至关重要的，以实现互操作性。本体开发工具包（ODK）提供了一套标准化、可定制和自动执行的工作流，并将所有必需的工具打包在一个Docker镜像中。在本文中，我们概述了ODK的工作原理，展示了它在实践中的应用，并描述了我们如何设想它在我们的社区中推动标准化工作。 数据库URL：https://github.com/INCATools/ontology-development-kit
Similar to managing software packages, managing the ontology life cycle involves multiple complex workflows such as preparing releases, continuous quality control checking and dependency management. To manage these processes, a diverse set of tools is required, from command-line utilities to powerful ontology-engineering environmentsr. Particularly in the biomedical domain, which has developed a set of highly diverse yet inter-dependent ontologies, standardizing release practices and metadata and establishing shared quality standards are crucial to enable interoperability. The Ontology Development Kit (ODK) provides a set of standardized, customizable and automatically executable workflows, and packages all required tooling in a single Docker image. In this paper, we provide an overview of how the ODK works, show how it is used in practice and describe how we envision it driving standardization efforts in our community. Database URL: https://github.com/INCATools/ontology-development-kit
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影响因子：
1.9
作者：
Osumi-Sutherland, David;Courtot, Melanie;Mungall, Christopher
通讯作者：
Mungall, Christopher
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14.9
作者：
Hastings J;de Matos P;Dekker A;Ennis M;Harsha B;Kale N;Muthukrishnan V;Owen G;Turner S;Williams M;Steinbeck C
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Steinbeck C
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作者：
Smith, Barry;Ashburner, Michael;Lewis, Suzanna
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Lewis, Suzanna
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5
作者：
Grau, Bernardo Cuenca;Horrocks, Ian;Sattler, Ulrike
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Sattler, Ulrike
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作者：
Köhler S;Gargano M;Matentzoglu N;Carmody LC;Lewis-Smith D;Vasilevsky NA;Danis D;Balagura G;Baynam G;Brower AM;Callahan TJ;Chute CG;Est JL;Galer PD;Ganesan S;Griese M;Haimel M;Pazmandi J;Hanauer M;Harris NL;Hartnett MJ;Hastreiter M;Hauck F;He Y;Jeske T;Kearney H;Kindle G;Klein C;Knoflach K;Krause R;Lagorce D;McMurry JA;Miller JA;Munoz-Torres MC;Peters RL;Rapp CK;Rath AM;Rind SA;Rosenberg AZ;Segal MM;Seidel MG;Smedley D;Talmy T;Thomas Y;Wiafe SA;Xian J;Yüksel Z;Helbig I;Mungall CJ;Haendel MA;Robinson PN
通讯作者：
Robinson PN