Bioinformatic analysis of smoothelin family members supports tissue-specific functions of unique C-terminal calponin homology domains.
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DOI：
10.14814/phy2.15844
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发表时间：
2023-11
影响因子：
2.5
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中科院分区：
文献类型：
--
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Smoothelins是具有单个C末端钙调蛋白同源结构域2型（CHD 2）的细胞骨架蛋白。很少有人知道SMTN CHD 2域的变化的意义，在这里通过分析公共数据库。存在于所有SMTN中的保守的152 nt倒数第二组成性外显子编码具有高度同一性（nt/aa 63/65%）的CHD 2螺旋II-IV。SMTN的可变CHD 2（螺旋IV-VI）通过165 nt外显子E20的选择性剪接产生。E20及其编码的CHD 2与SMTNL 1的末端组成型外显子具有高度同源性（E8; nt/aa 72/75%同一性）。这些CHD 2变体的独特之处在于含有KTKK泛素化基序的保守延伸的9个氨基酸C末端尾。当SMTN的E20被跳过（SMTN E20−）时，组成性末端E21编码CHD 2的螺旋IV-VI。SMTN E21与SMTNL 2的末端外显子具有高度同一性（E8;比对序列的nt/aa 75/81%同一性），除了编码仅在哺乳动物中保守的独特延伸C末端（24 nt; 8aa）。SMTN亚型表达具有组织特异性：SMTNE 20 −和SMTNE 20+分别在SMC和非肌肉细胞中高度表达，而SMTNL 1 + 2在骨骼肌细胞中高度表达。具有独特螺旋IV-VI的SMTN CHD 2的组织特异性表达表明需要进一步研究的组织特异性功能。
Smoothelins are cytoskeletal proteins with a single C‐terminal calponin homology domain type 2 (CHD2). Little is known about the significance of variation in SMTN CHD2 domains, addressed here through analysis of public databases. A conserved 152 nt penultimate constitutive exon present in all SMTNs encodes helices II‐IV of CHD2 with high identity (nt/aa 63/65%). Variable CHD2s of SMTN (helices IV‐VI) are generated by alternative splicing of 165 nt exon E20. E20 and the CHD2 it encodes have high homology with the terminal constitutive exon of SMTNL1 (E8; nt/aa 72/75% identity). Unique to these CHD2 variants are a conserved extended nine amino acid C‐terminal tail containing KTKK ubiquitination motifs. When E20 of SMTN is skipped (SMTN E20−), constitutive terminal E21 codes for helices IV‐VI of CHD2. SMTN E21 has high identity with the terminal exon of SMTNL2 (E8; nt/aa 75/81% identity of aligned sequences) except for coding for a unique extended C‐terminus (24 nt; 8aa) conserved only in mammals. SMTN isoform expression is tissue‐specific: SMTNE20− and SMTNE20+ are highly expressed in SMC and non‐muscle cells, respectively, while SMTNL1 + 2 are highly expressed in skeletal muscle cells. Tissue‐specific expression of SMTN CHD2s with unique helices IV‐VI suggest tissue‐specific functions that require further study.
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