A proteomics landscape of circadian clock in mouse liver.
A proteomics landscape of circadian clock in mouse liver.
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小鼠肝脏生物钟的蛋白质组学景观
DOI：
10.1038/s41467-018-03898-2
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发表时间：
2018-04-19
影响因子：
16.6
通讯作者：
Ding C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang Y;Song L;Liu M;Ge R;Zhou Q;Liu W;Li R;Qie J;Zhen B;Wang Y;He F;Qin J;Ding C
肝脏作为昼夜节律器官，在生物钟的不同阶段执行不同的功能。这个过程被认为是由转录程序驱动的。在这里，我们提出了一个转录因子（TF）DNA结合活性为中心的多维蛋白质组学景观的小鼠肝脏，其中包括不同的TF，磷酸化和泛素化模式，核亚蛋白质组，整个蛋白质组以及转录组的DNA结合概况，描绘这个组织的层次昼夜节律网络。TF DNA结合活性表明四个主要途径的昼夜振荡，即免疫反应、葡萄糖代谢、脂肪酸代谢和细胞周期。我们还分离了小鼠肝脏枯否细胞，并在昼夜节律周期中测量其蛋白质组，以揭示细胞类型分辨的昼夜节律钟。这些全面的数据集提供了丰富的数据资源，了解小鼠肝脏生理的昼夜节律。
As a circadian organ, liver executes diverse functions in different phase of the circadian clock. This process is believed to be driven by a transcription program. Here, we present a transcription factor (TF) DNA-binding activity-centered multi-dimensional proteomics landscape of the mouse liver, which includes DNA-binding profiles of different TFs, phosphorylation, and ubiquitylation patterns, the nuclear sub-proteome, the whole proteome as well as the transcriptome, to portray the hierarchical circadian clock network of this tissue. The TF DNA-binding activity indicates diurnal oscillation in four major pathways, namely the immune response, glucose metabolism, fatty acid metabolism, and the cell cycle. We also isolate the mouse liver Kupffer cells and measure their proteomes during the circadian cycle to reveal a cell-type resolved circadian clock. These comprehensive data sets provide a rich data resource for the understanding of mouse hepatic physiology around the circadian clock.
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影响因子：
9.9
作者：
通讯作者：
--
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Chiu JC;Ko HW;Edery I
通讯作者：
Edery I
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Ghazalpour A;Bennett B;Petyuk VA;Orozco L;Hagopian R;Mungrue IN;Farber CR;Sinsheimer J;Kang HM;Furlotte N;Park CC;Wen PZ;Brewer H;Weitz K;Camp DG 2nd;Pan C;Yordanova R;Neuhaus I;Tilford C;Siemers N;Gargalovic P;Eskin E;Kirchgessner T;Smith DJ;Smith RD;Lusis AJ
通讯作者：
Lusis AJ
DOI：
10.1073/pnas.1118726109
发表时间：
2012-04-03
影响因子：
11.1
作者：
Eckel-Mahan, Kristin L.;Patel, Vishal R.;Sassone-Corsi, Paolo
通讯作者：
Sassone-Corsi, Paolo
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作者：
Hornbeck PV;Kornhauser JM;Tkachev S;Zhang B;Skrzypek E;Murray B;Latham V;Sullivan M
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