VENN, a tool for titrating sequence conservation onto protein structures.
VENN, a tool for titrating sequence conservation onto protein structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkp616
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发表时间：
2009-10
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schiller MR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vyas J;Gryk MR;Schiller MR
残基保守是推断蛋白质功能、模块性和特异性的重要且成熟的方法。重要的是要认识到残基的 3D 空间方向驱动了序列保守。考虑到这一点，我们构建了一种新的计算工具 VENN，它允许研究人员以交互方式和图形方式滴定蛋白质结构表面表示上的序列同源性。我们提出的滴定策略揭示了使用其他现有工具不易识别的关键细节。使用 VENN 对 bZIP 转录因子和成纤维细胞生长因子受体识别进行的分析揭示了关键的特异性决定因素。网页链接：http://sbtools.uchc.edu/venn/。
Residue conservation is an important, established method for inferring protein function, modularity and specificity. It is important to recognize that it is the 3D spatial orientation of residues that drives sequence conservation. Considering this, we have built a new computational tool, VENN that allows researchers to interactively and graphically titrate sequence homology onto surface representations of protein structures. Our proposed titration strategies reveal critical details that are not readily identified using other existing tools. Analyses of a bZIP transcription factor and receptor recognition of Fibroblast Growth Factor using VENN revealed key specificity determinants. Weblink: http://sbtools.uchc.edu/venn/.
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影响因子：
14.9
作者：
Kopp, J;Schwede, T
通讯作者：
Schwede, T
DOI：
10.1073/pnas.89.22.10915
发表时间：
1992-11-15
影响因子：
11.1
作者：
HENIKOFF, S;HENIKOFF, JG
通讯作者：
HENIKOFF, JG
影响因子：
5.8
作者：
Morgan, Daniel H.;Kristensen, David M.;Lichtarge, Olivier
通讯作者：
Lichtarge, Olivier
影响因子：
3
作者：
Rockwell NC;Lagarias JC
通讯作者：
Lagarias JC
影响因子：
3
作者：
Pettersen, EF;Goddard, TD;Ferrin, TE
通讯作者：
Ferrin, TE