The Infobiotics Workbench: an integrated in silico modelling platform for Systems and Synthetic Biology.
The Infobiotics Workbench: an integrated in silico modelling platform for Systems and Synthetic Biology.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr571
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发表时间：
2011-12-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Krasnogor N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Blakes J;Twycross J;Romero-Campero FJ;Krasnogor N
总结：Infobiotics是一个集成的软件套件，包括系统和合成生物学的模型规范，模拟，参数优化和模型检查。模块化模型规范允许直接创建包含许多隔间和反应的大规模模型。模型可以使用随机模拟或数值积分进行模拟，并在时间和空间上可视化。模型参数和结构可以用进化算法优化，模型特性可以用概率模型检验计算。可用性：Linux、Mac和Windows的源代码和二进制文件可在http：//www.infobiotics.org/infobiotics-workbench/上获得;在GNU通用公共许可证（GPL）第3版下发布。联系人：纳塔利奥.克拉斯诺戈尔@ nottingham.ac.uk
Summary: The Infobiotics Workbench is an integrated software suite incorporating model specification, simulation, parameter optimization and model checking for Systems and Synthetic Biology. A modular model specification allows for straightforward creation of large-scale models containing many compartments and reactions. Models are simulated either using stochastic simulation or numerical integration, and visualized in time and space. Model parameters and structure can be optimized with evolutionary algorithms, and model properties calculated using probabilistic model checking. Availability: Source code and binaries for Linux, Mac and Windows are available at http://www.infobiotics.org/infobiotics-workbench/; released under the GNU General Public License (GPL) version 3. Contact: Natalio.Krasnogor@nottingham.ac.uk
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DOI：
10.1007/s11693-009-9050-7
发表时间：
2010-03
期刊：
Systems and synthetic biology
影响因子：
--
作者：
Cao, Hongqing;Romero-Campero, Francisco J;Heeb, Stephan;Camara, Miguel;Krasnogor, Natalio
通讯作者：
Krasnogor, Natalio
影响因子：
5.8
作者：
Hucka, M;Finney, A;Wang, J
通讯作者：
Wang, J
影响因子：
11.4
作者：
Dupeux, Florine;Santiago, Julia;Marquez, Jose Antonio
通讯作者：
Marquez, Jose Antonio
影响因子：
6.8
作者：
Hansen, N;Ostermeier, A
通讯作者：
Ostermeier, A
影响因子：
5.8
作者：
Cooling, M. T.;Rouilly, V.;Wipat, A.
通讯作者：
Wipat, A.