RNA-MoIP: prediction of RNA secondary structure and local 3D motifs from sequence data.
RNA-MoIP: prediction of RNA secondary structure and local 3D motifs from sequence data.
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DOI：
10.1093/nar/gkx429
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发表时间：
2017-07-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Waldispühl J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yao J;Reinharz V;Major F;Waldispühl J
RNA结构是按层次组织的。二级结构围绕复杂的局部三维(3D)基序连接，塑造了分子的完整3D结构。最近的贡献已经确定和组织了反复出现的局部3D主题，但将这一知识应用于预测目的仍处于初级阶段。我们最近开发了一个名为RNA-MoIP的计算框架，以协调RNA二级结构和数据库中可用的局部3D基序信息。在本文中，我们介绍了一个使用我们的软件的Web服务，用于仅从序列数据预测RNA混合2D-3D结构。可选地，它可用于(I)局部3D基序预测或(Ii)用户定义的二级结构的精细化。重要的是，我们的Web服务器自动为MC-Sym软件生成脚本，该脚本可以立即用于快速预测全原子RNA 3D模型。该Web服务器可从http://rnamoip.cs.mcgill.ca.获得
RNA structures are hierarchically organized. The secondary structure is articulated around sophisticated local three-dimensional (3D) motifs shaping the full 3D architecture of the molecule. Recent contributions have identified and organized recurrent local 3D motifs, but applications of this knowledge for predictive purposes is still in its infancy. We recently developed a computational framework, named RNA-MoIP, to reconcile RNA secondary structure and local 3D motif information available in databases. In this paper, we introduce a web service using our software for predicting RNA hybrid 2D–3D structures from sequence data only. Optionally, it can be used for (i) local 3D motif prediction or (ii) the refinement of user-defined secondary structures. Importantly, our web server automatically generates a script for the MC-Sym software, which can be immediately used to quickly predict all-atom RNA 3D models. The web server is available at http://rnamoip.cs.mcgill.ca.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
64.8
作者：
Parisien, Marc;Major, Francois
通讯作者：
Major, Francois
影响因子：
14.8
作者：
Palacino, James;Swalley, Susanne E.;Sivasankaran, Rajeev
通讯作者：
Sivasankaran, Rajeev
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL
影响因子：
14.9
作者：
Popenda M;Szachniuk M;Antczak M;Purzycka KJ;Lukasiak P;Bartol N;Blazewicz J;Adamiak RW
通讯作者：
Adamiak RW