Structural mechanism of DNA recognition by the p204 HIN domain.
Structural mechanism of DNA recognition by the p204 HIN domain.
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p204 HIN 结构域识别 DNA 的结构机制
DOI：
10.1093/nar/gkab076
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发表时间：
2021-03-18
影响因子：
14.9
通讯作者：
Jin T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fan X;Jiang J;Zhao D;Chen F;Ma H;Smith P;Unterholzner L;Xiao TS;Jin T
干扰素γ诱导蛋白16 （IFI16）及其小鼠同源蛋白p204在非序列特异性dsDNA传感中的功能；然而，包含两个HIN结构域的IFI16/p204的确切dsDNA识别机制尚不清楚。在本研究中，我们确定了p204 HINa和HINb结构域的晶体结构，它们与其他PYHIN家族蛋白的结构域高度相似。此外，我们获得了p204 HINab结构域与dsDNA复合物的晶体结构，并对dsDNA的结合模式提供了见解。p204 HINab主要通过HINa和HINb的α2螺旋以及它们之间的连接体与dsDNA结合，显示出类似的HIN:DNA结合模式。荧光偏振实验证实，HINa和HINb对HINa识别dsDNA至关重要。此外，在p204 HINa和HINab:dsDNA复合物的结构中观察到HINa二聚化界面，该界面参与了dsDNA的结合。与HINab:dsDNA复合物的晶体结构相比，HINa和HINb之间的连接体在溶液中表现出动态柔韧性，并能以~ 90°角改变其方向。这些结构信息提供了不同HIN结构域的DNA识别机制，并揭示了两个HIN结构域在激活IFI16/p204信号通路中的独特作用。
Abstract The interferon gamma-inducible protein 16 (IFI16) and its murine homologous protein p204 function in non-sequence specific dsDNA sensing; however, the exact dsDNA recognition mechanisms of IFI16/p204, which harbour two HIN domains, remain unclear. In the present study, we determined crystal structures of p204 HINa and HINb domains, which are highly similar to those of other PYHIN family proteins. Moreover, we obtained the crystal structure of p204 HINab domain in complex with dsDNA and provided insights into the dsDNA binding mode. p204 HINab binds dsDNA mainly through α2 helix of HINa and HINb, and the linker between them, revealing a similar HIN:DNA binding mode. Both HINa and HINb are vital for HINab recognition of dsDNA, as confirmed by fluorescence polarization assays. Furthermore, a HINa dimerization interface was observed in structures of p204 HINa and HINab:dsDNA complex, which is involved in binding dsDNA. The linker between HINa and HINb reveals dynamic flexibility in solution and changes its direction at ∼90° angle in comparison with crystal structure of HINab:dsDNA complex. These structural information provide insights into the mechanism of DNA recognition by different HIN domains, and shed light on the unique roles of two HIN domains in activating the IFI16/p204 signaling pathway.
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DOI：
10.1126/science.aaf7532
发表时间：
2016-11-11
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Hu B;Jin C;Li HB;Tong J;Ouyang X;Cetinbas NM;Zhu S;Strowig T;Lam FC;Zhao C;Henao-Mejia J;Yilmaz O;Fitzgerald KA;Eisenbarth SC;Elinav E;Flavell RA
通讯作者：
Flavell RA
DOI：
10.1107/s2053230x1303135x
发表时间：
2014-01-01
影响因子：
0.9
作者：
Li, He;Wang, Jue;Wu, Jia-Wei
通讯作者：
Wu, Jia-Wei
影响因子：
5.7
作者：
Brunger, Axel T.;Adams, Paul D.;Fromme, Petra;Fromme, Raimund;Levitt, Michael;Schroeder, Gunnar F.
通讯作者：
Schroeder, Gunnar F.
影响因子：
6.1
作者：
Konarev, PV;Volkov, VV;Svergun, DI
通讯作者：
Svergun, DI
影响因子：
6.1
作者：
Diederichs, Kay;Junk, Michael
通讯作者：
Junk, Michael