Characterization of three novel SINE families with unusual features in Helicoverpa armigera.
Characterization of three novel SINE families with unusual features in Helicoverpa armigera.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0031355
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Li X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J;Wang A;Han Z;Zhang Z;Li F;Li X
虽然已从真核基因组中分离出120多个短散布核素(Sine)家族，但对昆虫中的Sine知之甚少。在这里，我们描述了来自棉铃虫Helicoverpa armigera的三个新的Sine。其中两个，HaSE1和HaSE2，具有相似的5‘-结构，包括紧随其后的tRNA相关区域和保守的中央结构域。HaSE1的3‘-尾与棉铃虫基因组中的一个反转录转座子元件HaRTE1.1的3’-尾显著相似。HaSE2的3‘-区与棉铃虫中的一个水手样元件有很高的同源性。第三个家族称为HaSE3，它是一个5S rRNA衍生的氨基酸，与HaSE1共享身体部分和3‘-尾巴，因此可能是昆虫物种中第一个由5S rRNA和tRNA衍生的氨基酸重组产生的嵌合体。进一步的数据库搜索发现，这些Sine在其他几个相关昆虫物种中存在，但在家蚕中没有，这表明这些Sine在鳞翅目昆虫中的分布相对较窄。此外，我们在GenBank的棉蚜EST条目中发现了一个HaSE2的拷贝，这表明棉蚜发生了水平转移。
Although more than 120 families of short interspersed nuclear elements (SINEs) have been isolated from the eukaryotic genomes, little is known about SINEs in insects. Here, we characterize three novel SINEs from the cotton bollworm, Helicoverpa armigera. Two of them, HaSE1 and HaSE2, share similar 5′ -structure including a tRNA-related region immediately followed by conserved central domain. The 3′ -tail of HaSE1 is significantly similar to that of one LINE retrotransposon element, HaRTE1.1, in H. armigera genome. The 3′ -region of HaSE2 showed high identity with one mariner-like element in H. armigera. The third family, termed HaSE3, is a 5S rRNA-derived SINE and shares both body part and 3′-tail with HaSE1, thus may represent the first example of a chimera generated by recombination between 5S rRNA and tRNA-derived SINE in insect species. Further database searches revealed the presence of these SINEs in several other related insect species, but not in the silkworm, Bombyx mori, indicating a relatively narrow distribution of these SINEs in Lepidopterans. Apart from above, we found a copy of HaSE2 in the GenBank EST entry for the cotton aphid, Aphis gossypii, suggesting the occurrence of horizontal transfer.
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