Evolution of SARS-CoV-2 Envelope, Membrane, Nucleocapsid, and Spike Structural Proteins from the Beginning of the Pandemic to September 2020: A Global and Regional Approach by Epidemiological Week.
Evolution of SARS-CoV-2 Envelope, Membrane, Nucleocapsid, and Spike Structural Proteins from the Beginning of the Pandemic to September 2020: A Global and Regional Approach by Epidemiological Week.
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从大流行开始到2020年9月SARS-CoV-2包膜、膜、核衣壳和刺突结构蛋白的演变：流行病学周的全球和区域方法。
DOI：
10.3390/v13020243
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发表时间：
2021-02-04
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Holguín Á
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Troyano-Hernáez P;Reinosa R;Holguín Á
监测急性呼吸道综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的遗传多样性和正在发生的大流行中出现的突变对于了解其演变和确保冠状病毒疾病（COVID-19）诊断测试，疫苗和治疗的性能至关重要。本研究报告的氨基酸（aa）的保守程度和全球和区域的时间演变流行病学周以下四个结构SARS-CoV-2蛋白：刺突，包膜，膜，和核衣壳的每个残基。从2019年12月29日至2020年9月12日，全球共享所有流感数据倡议（GISAID）中提供的来自117个国家的所有105，276个全球SARS-CoV-2完整和部分序列都被下载并使用内部生物信息学工具进行处理。尽管SARS-CoV-2结构蛋白具有极高的保守性（>99%），但所有结构蛋白都存在aa变化，即，75个包膜氨基酸中有65个发生142个氨基酸变化，222个膜氨基酸中有165个发生291个氨基酸变化，419个核衣壳氨基酸中有359个发生890个氨基酸变化，1273个刺突氨基酸中有1132个发生2671个氨基酸变化。突变演变在地理区域和流行病学周（epiweks）之间存在差异。刺突蛋白中最常见的氨基酸变化是D 614 G（81.5%），其次是核衣壳蛋白中的R203 K和G204 R组合（37%）。所提供的数据提供了对大流行期间SARS-CoV-2结构蛋白的遗传变异性的深入了解，并突出了当地和世界范围内出现的感兴趣的氨基酸变化，以进一步进行SARS-CoV-2结构和功能分析。
Monitoring acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genetic diversity and emerging mutations in this ongoing pandemic is crucial for understanding its evolution and assuring the performance of diagnostic tests, vaccines, and therapies against coronavirus disease (COVID-19). This study reports on the amino acid (aa) conservation degree and the global and regional temporal evolution by epidemiological week for each residue of the following four structural SARS-CoV-2 proteins: spike, envelope, membrane, and nucleocapsid. All, 105,276 worldwide SARS-CoV-2 complete and partial sequences from 117 countries available in the Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) from 29 December 2019 to 12 September 2020 were downloaded and processed using an in-house bioinformatics tool. Despite the extremely high conservation of SARS-CoV-2 structural proteins (>99%), all presented aa changes, i.e., 142 aa changes in 65 of the 75 envelope aa, 291 aa changes in 165 of the 222 membrane aa, 890 aa changes in 359 of the 419 nucleocapsid aa, and 2671 changes in 1132 of the 1273 spike aa. Mutations evolution differed across geographic regions and epidemiological weeks (epiweeks). The most prevalent aa changes were D614G (81.5%) in the spike protein, followed by the R203K and G204R combination (37%) in the nucleocapsid protein. The presented data provide insight into the genetic variability of SARS-CoV-2 structural proteins during the pandemic and highlights local and worldwide emerging aa changes of interest for further SARS-CoV-2 structural and functional analysis.
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影响因子：
--
作者：
Bianchi, Martina;Benvenuto, Domenico;Pascarella, Stefano
通讯作者：
Pascarella, Stefano
影响因子：
4.8
作者：
Michel, Christian Jean;Mayer, Claudine;Thompson, Julie Dawn
通讯作者：
Thompson, Julie Dawn
影响因子：
13.2
作者：
Chan, Jasper Fuk-Woo;Kok, Kin-Hang;Yuen, Kwok-Yung
通讯作者：
Yuen, Kwok-Yung
影响因子：
5.4
作者：
de Haan, CAM;Vennema, H;Rottier, PJM
通讯作者：
Rottier, PJM
DOI：
10.3390/v6082991
发表时间：
2014-08-07
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
McBride R;van Zyl M;Fielding BC
通讯作者：
Fielding BC