GiardiaDB and TrichDB: integrated genomic resources for the eukaryotic protist pathogens Giardia lamblia and Trichomonas vaginalis.
GiardiaDB and TrichDB: integrated genomic resources for the eukaryotic protist pathogens Giardia lamblia and Trichomonas vaginalis.
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DOI：
10.1093/nar/gkn631
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wang H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aurrecoechea C;Brestelli J;Brunk BP;Carlton JM;Dommer J;Fischer S;Gajria B;Gao X;Gingle A;Grant G;Harb OS;Heiges M;Innamorato F;Iodice J;Kissinger JC;Kraemer E;Li W;Miller JA;Morrison HG;Nayak V;Pennington C;Pinney DF;Roos DS;Ross C;Stoeckert CJ Jr;Sullivan S;Treatman C;Wang H
GiardiaDB (http://GiardiaDB.org) 和 TrichDB (http://TrichDB.org) 分别包含贾第虫和阴道毛滴虫的基因组数据库，并且代表了 EuPathDB (http://EuPathDB.org) 功能基因组数据库家族的最新成员。 GiardiaDB 和 TrichDB 采用与其他 EuPathDB 站点（CryptoDB、PlasmoDB 和 ToxoDB）相同的框架，支持完全集成和可搜索的数据库。通过这些资源获得的基因组规模数据可以基于 BLAST 搜索、注释关键词和基因 ID 搜索、GO 术语、序列基序和其他蛋白质特征进行查询。还可以根据来自各种平台的转录本和蛋白质表达数据来制定功能查询。系统发育关系也可能受到质疑。组合独立查询的结果以及存储查询和查询结果以供将来使用的能力有助于对功能基因组数据进行复杂的全基因组挖掘。
GiardiaDB (http://GiardiaDB.org) and TrichDB (http://TrichDB.org) house the genome databases for Giardia lamblia and Trichomonas vaginalis, respectively, and represent the latest additions to the EuPathDB (http://EuPathDB.org) family of functional genomic databases. GiardiaDB and TrichDB employ the same framework as other EuPathDB sites (CryptoDB, PlasmoDB and ToxoDB), supporting fully integrated and searchable databases. Genomic-scale data available via these resources may be queried based on BLAST searches, annotation keywords and gene ID searches, GO terms, sequence motifs and other protein characteristics. Functional queries may also be formulated, based on transcript and protein expression data from a variety of platforms. Phylogenetic relationships may also be interrogated. The ability to combine the results from independent queries, and to store queries and query results for future use facilitates complex, genome-wide mining of functional genomic data.
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影响因子：
7.4
作者：
YATES, JR;ENG, JK;SCHIELTZ, D
通讯作者：
SCHIELTZ, D
影响因子：
14.9
作者：
Aurrecoechea, Cristina;Heiges, Mark;Kissinger, Jessica C.
通讯作者：
Kissinger, Jessica C.
影响因子：
56.9
作者：
Carlton, Jane M.;Hirt, Robert P.;Johnson, Patricia J.
通讯作者：
Johnson, Patricia J.
影响因子：
14.9
作者：
Bahl, A;Brunk, B;Whetzel, P
通讯作者：
Whetzel, P
影响因子：
14.9
作者：
Gajria, Bindu;Bahl, Amit;Brestelli, John;Dommer, Jennifer;Fischer, Steve;Gao, Xin;Heiges, Mark;Iodice, John;Kissinger, Jessica C.;Mackey, Aaron J.;Pinney, Deborah F.;Roos, David S.;Stoeckert, Christian J., Jr.;Wang, Haiming;Brunk, Brian P.
通讯作者：
Brunk, Brian P.