Comparative Toxicogenomics Database (CTD): update 2021.
Comparative Toxicogenomics Database (CTD): update 2021.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa891
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mattingly CJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davis AP;Grondin CJ;Johnson RJ;Sciaky D;Wiegers J;Wiegers TC;Mattingly CJ
公共比较毒理学数据库（CTD；http://ctdbase.org/）是一个创新的数字生态系统，它将化学品、基因、表型、疾病和暴露的毒理学信息联系起来，以增进对人类健康的了解。基于文献的、手动策划的交互被集成以创建一个知识库，该知识库协调化学暴露及其生物影响的跨物种异质数据。在这次两年一次的更新中，我们报告 CTD 策划内容增加了 20%，现在提供了来自 600 个比较物种的 16,300 多种化学品、51,300 个基因、5500 个表型、7200 种疾病和 163,000 个暴露事件的 4500 万个毒物基因组关系。此外，我们还通过 CTD 疾病页面上的新数据选项卡（以帮助填补环境健康知识空白）和新表型搜索参数（用于批量查询和维恩分析工具）来增加化学表型内容的功能。此外，我们还推出了新的 CTD 解剖学页面，使用户能够从解剖学角度独特地探索和分析化学表型相互作用。最后，我们使用基于文献的新化学同义词（以改进查询）增强了 CTD 化学页面，并添加了 1600 种基于氨基酸的化合物（以增加化学景观）。总之，这些更新继续增强 CTD 作为强大资源的能力，用于生成有关环境影响疾病的病因学和分子机制的可检验假设。
The public Comparative Toxicogenomics Database (CTD; http://ctdbase.org/) is an innovative digital ecosystem that relates toxicological information for chemicals, genes, phenotypes, diseases, and exposures to advance understanding about human health. Literature-based, manually curated interactions are integrated to create a knowledgebase that harmonizes cross-species heterogeneous data for chemical exposures and their biological repercussions. In this biennial update, we report a 20% increase in CTD curated content and now provide 45 million toxicogenomic relationships for over 16 300 chemicals, 51 300 genes, 5500 phenotypes, 7200 diseases and 163 000 exposure events, from 600 comparative species. Furthermore, we increase the functionality of chemical–phenotype content with new data-tabs on CTD Disease pages (to help fill in knowledge gaps for environmental health) and new phenotype search parameters (for Batch Query and Venn analysis tools). As well, we introduce new CTD Anatomy pages that allow users to uniquely explore and analyze chemical–phenotype interactions from an anatomical perspective. Finally, we have enhanced CTD Chemical pages with new literature-based chemical synonyms (to improve querying) and added 1600 amino acid-based compounds (to increase chemical landscape). Together, these updates continue to augment CTD as a powerful resource for generating testable hypotheses about the etiologies and molecular mechanisms underlying environmentally influenced diseases.
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影响因子：
14.9
作者：
Davis AP;Murphy CG;Saraceni-Richards CA;Rosenstein MC;Wiegers TC;Mattingly CJ
通讯作者：
Mattingly CJ
影响因子：
3.8
作者：
Davis, Allan Peter;Wiegers, Thomas C.;Mattingly, Carolyn J.
通讯作者：
Mattingly, Carolyn J.
影响因子：
3.7
作者：
Davis AP;Wiegers TC;Johnson RJ;Lay JM;Lennon-Hopkins K;Saraceni-Richards C;Sciaky D;Murphy CG;Mattingly CJ
通讯作者：
Mattingly CJ
影响因子：
14.9
作者：
Davis AP;Grondin CJ;Johnson RJ;Sciaky D;McMorran R;Wiegers J;Wiegers TC;Mattingly CJ
通讯作者：
Mattingly CJ
DOI：
10.1093/database/bar065
发表时间：
2012
期刊：
Database : the journal of biological databases and curation
影响因子：
--
作者：
Davis AP;Wiegers TC;Rosenstein MC;Mattingly CJ
通讯作者：
Mattingly CJ