The Comparative Toxicogenomics Database: update 2019.
The Comparative Toxicogenomics Database: update 2019.
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DOI：
10.1093/nar/gky868
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发表时间：
2019-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mattingly CJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davis AP;Grondin CJ;Johnson RJ;Sciaky D;McMorran R;Wiegers J;Wiegers TC;Mattingly CJ
比较毒理基因组学数据库（CTD; http：//ctdbase.org/）是一个基于文献的主要公共资源，人工策划化学品，基因产品，表型，疾病和环境暴露之间的关联。在这两年一次的更新中，我们提出了我们新的化学表型模块，该模块编码化学诱导的表型效应，使用化学品，表型，分类群和解剖描述符的受控词汇进行管理;该模块为探索疾病前状态的细胞和系统水平表型提供了独特的机会，并允许用户构建预测不良结局的途径（将化学基因分子起始事件与表型关键事件、疾病和人群水平的健康结果联系起来）。我们还报告了CTD手动策划的内容增加了46%，当与其他数据集集成时，产生了超过3800万个毒理基因组学关系。我们描述了新的查询和显示功能，我们增强的化学暴露科学模块，提供更大范围的内容和实用程序。此外，我们还讨论了更新的MEDIC疾病词汇表，其中包含1700多个新术语和登录标识符。为了适应数据内容和功能的增加，CTD升级了其计算基础设施。这些更新继续改善CTD，并帮助提供有关环境影响疾病的病因和机制的新的可验证假设。
The Comparative Toxicogenomics Database (CTD; http://ctdbase.org/) is a premier public resource for literature-based, manually curated associations between chemicals, gene products, phenotypes, diseases, and environmental exposures. In this biennial update, we present our new chemical–phenotype module that codes chemical-induced effects on phenotypes, curated using controlled vocabularies for chemicals, phenotypes, taxa, and anatomical descriptors; this module provides unique opportunities to explore cellular and system-level phenotypes of the pre-disease state and allows users to construct predictive adverse outcome pathways (linking chemical–gene molecular initiating events with phenotypic key events, diseases, and population-level health outcomes). We also report a 46% increase in CTD manually curated content, which when integrated with other datasets yields more than 38 million toxicogenomic relationships. We describe new querying and display features for our enhanced chemical–exposure science module, providing greater scope of content and utility. As well, we discuss an updated MEDIC disease vocabulary with over 1700 new terms and accession identifiers. To accommodate these increases in data content and functionality, CTD has upgraded its computational infrastructure. These updates continue to improve CTD and help inform new testable hypotheses about the etiology and mechanisms underlying environmentally influenced diseases.
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影响因子：
14.9
作者：
NCBI Resource Coordinators
通讯作者：
NCBI Resource Coordinators
影响因子：
14.9
作者：
Davis AP;Murphy CG;Saraceni-Richards CA;Rosenstein MC;Wiegers TC;Mattingly CJ
通讯作者：
Mattingly CJ
影响因子：
14.9
作者：
Federhen S
通讯作者：
Federhen S
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Davis, Allan Peter;Wiegers, Thomas C.;Mattingly, Carolyn J.
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Mattingly, Carolyn J.
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作者：
Davis, Allan Peter;Murphy, Cynthia G.;Mattingly, Carolyn J.
通讯作者：
Mattingly, Carolyn J.