Highly preserved consensus gene modules in human papilloma virus 16 positive cervical cancer and head and neck cancers.
Highly preserved consensus gene modules in human papilloma virus 16 positive cervical cancer and head and neck cancers.
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DOI：
10.18632/oncotarget.23116
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发表时间：
2017-12-26
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kim KY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang X;Cha IH;Kim KY
在这项研究中，我们研究了头颈癌（HNC）和宫颈癌（CC）的共有基因模块。我们使用公开的基因表达数据集 GSE6791，其中包括 42 个 HNC、14 个正常头颈部、20 个 CC 和 8 个正常宫颈组织样本。为了排除不同人乳头瘤病毒 (HPV) 类型造成的偏差，我们仅分析了 HPV16 阳性样本。我们鉴定了 HNC 和 CC 样本共有的 3824 个基因。其中，977个基因表现出高连通性，并被用于构建共识模块。我们使用相异性测量和平均连锁层次聚类方法展示了 HNC 和 CC 的八个共有基因模块。这些共有模块包括具有重要生物学功能的基因，包括 ATP 结合和细胞外外泌体。 Eigengen 网络分析显示共识模块高度保留且具有高连接性。这些发现表明，HPV16 阳性头颈癌和宫颈癌具有高度保存的共有基因模块，具有共同的潜在治疗靶点。
In this study, we investigated the consensus gene modules in head and neck cancer (HNC) and cervical cancer (CC). We used a publicly available gene expression dataset, GSE6791, which included 42 HNC, 14 normal head and neck, 20 CC and 8 normal cervical tissue samples. To exclude bias because of different human papilloma virus (HPV) types, we analyzed HPV16-positive samples only. We identified 3824 genes common to HNC and CC samples. Among these, 977 genes showed high connectivity and were used to construct consensus modules. We demonstrated eight consensus gene modules for HNC and CC using the dissimilarity measure and average linkage hierarchical clustering methods. These consensus modules included genes with significant biological functions, including ATP binding and extracellular exosome. Eigengen network analysis revealed the consensus modules were highly preserved with high connectivity. These findings demonstrate that HPV16-positive head and neck and cervical cancers share highly preserved consensus gene modules with common potentially therapeutic targets.
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