TIGRFAMs and Genome Properties in 2013.
TIGRFAMs and Genome Properties in 2013.
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DOI：
10.1093/nar/gks1234
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发表时间：
2013-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Beck E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Haft DH;Selengut JD;Richter RA;Harkins D;Basu MK;Beck E
Tigrfams，可在线http://www.jcvi.org/tigrfams在线获得。每个条目都具有可信赖的代表序列的种子对齐，这是一个由该比对构建的隐藏的Markov模型（HMM），截止分数，使自动注释管道决定哪些蛋白质是成员，以及转移到成员蛋白上的注释。大多数TIGRFAMS模型被指定为等价物，这意味着它们将特定名称分配给了来自共同祖先序列中功能中保守的蛋白质。描述更多功能异质家族的模型被指定为亚家族或域，并分配了较少但更广泛的注释。基因组属性数据库可在http://www.jcvi.org/genome-properties上获得，指定应使用计算证据，包括tigrfams HMM结果，以判断酶促途径是酶促途径，蛋白质复合物还是另一种类型在基因组中编码。 TIGRFAM和基因组特性含量是协调一致的，因为大量基因组的子系统重建指导种子比对序列的选择和蛋白质家族构建过程中的截止值。这两个数据库都大量专门研究细菌和古细菌子系统。目前，Tigrfams中出现了4284个模型，而628个系统则由基因组特性描述。内容既来自子系统发现工作，也来自科学文献的生物化。
TIGRFAMs, available online at http://www.jcvi.org/tigrfams is a database of protein family definitions. Each entry features a seed alignment of trusted representative sequences, a hidden Markov model (HMM) built from that alignment, cutoff scores that let automated annotation pipelines decide which proteins are members, and annotations for transfer onto member proteins. Most TIGRFAMs models are designated equivalog, meaning they assign a specific name to proteins conserved in function from a common ancestral sequence. Models describing more functionally heterogeneous families are designated subfamily or domain, and assign less specific but more widely applicable annotations. The Genome Properties database, available at http://www.jcvi.org/genome-properties, specifies how computed evidence, including TIGRFAMs HMM results, should be used to judge whether an enzymatic pathway, a protein complex or another type of molecular subsystem is encoded in a genome. TIGRFAMs and Genome Properties content are developed in concert because subsystems reconstruction for large numbers of genomes guides selection of seed alignment sequences and cutoff values during protein family construction. Both databases specialize heavily in bacterial and archaeal subsystems. At present, 4284 models appear in TIGRFAMs, while 628 systems are described by Genome Properties. Content derives both from subsystem discovery work and from biocuration of the scientific literature.
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影响因子：
14.9
作者：
Hunter S;Jones P;Mitchell A;Apweiler R;Attwood TK;Bateman A;Bernard T;Binns D;Bork P;Burge S;de Castro E;Coggill P;Corbett M;Das U;Daugherty L;Duquenne L;Finn RD;Fraser M;Gough J;Haft D;Hulo N;Kahn D;Kelly E;Letunic I;Lonsdale D;Lopez R;Madera M;Maslen J;McAnulla C;McDowall J;McMenamin C;Mi H;Mutowo-Muellenet P;Mulder N;Natale D;Orengo C;Pesseat S;Punta M;Quinn AF;Rivoire C;Sangrador-Vegas A;Selengut JD;Sigrist CJ;Scheremetjew M;Tate J;Thimmajanarthanan M;Thomas PD;Wu CH;Yeats C;Yong SY
通讯作者：
Yong SY
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通讯作者：
Wall D
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作者：
Haft, Daniel H.;Basu, Malay Kumar
通讯作者：
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