Rfam 13.0: shifting to a genome-centric resource for non-coding RNA families.
Rfam 13.0: shifting to a genome-centric resource for non-coding RNA families.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1038
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Petrov AI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kalvari I;Argasinska J;Quinones-Olvera N;Nawrocki EP;Rivas E;Eddy SR;Bateman A;Finn RD;Petrov AI
Rfam数据库是RNA家族的集合，其中每个家族由多序列比对、共有二级结构和协方差模型表示。在本文中，我们介绍Rfam 13.0版，它切换到一个新的基因组为中心的方法，注释一个非冗余的参考基因组与RNA家族。我们描述了新的Web界面功能，包括多面文本搜索和R-scape二级结构可视化。我们讨论了一个新的文献策展工作流程和一个基于RNAcentral构建家庭的管道。13.0版新增236个家庭，家庭总数达到2687个。Rfam的网站是http://rfam.org。
The Rfam database is a collection of RNA families in which each family is represented by a multiple sequence alignment, a consensus secondary structure, and a covariance model. In this paper we introduce Rfam release 13.0, which switches to a new genome-centric approach that annotates a non-redundant set of reference genomes with RNA families. We describe new web interface features including faceted text search and R-scape secondary structure visualizations. We discuss a new literature curation workflow and a pipeline for building families based on RNAcentral. There are 236 new families in release 13.0, bringing the total number of families to 2687. The Rfam website is http://rfam.org.
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影响因子：
14.8
作者：
Weinberg Z;Kim PB;Chen TH;Li S;Harris KA;Lünse CE;Breaker RR
通讯作者：
Breaker RR
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt509
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nawrocki EP;Eddy SR
通讯作者：
Eddy SR
影响因子：
14.9
作者：
The RNAcentral Consortium;Petrov AI;Kay SJE;Kalvari I;Howe KL;Gray KA;Bruford EA;Kersey PJ;Cochrane G;Finn RD;Bateman A;Kozomara A;Griffiths-Jones S;Frankish A;Zwieb CW;Lau BY;Williams KP;Chan PP;Lowe TM;Cannone JJ;Gutell R;Machnicka MA;Bujnicki JM;Yoshihama M;Kenmochi N;Chai B;Cole JR;Szymanski M;Karlowski WM;Wood V;Huala E;Berardini TZ;Zhao Y;Chen R;Zhu W;Paraskevopoulou MD;Vlachos IS;Hatzigeorgiou AG;Ma L;Zhang Z;Puetz J;Stadler PF;McDonald D;Basu S;Fey P;Engel SR;Cherry JM;Volders PJ;Mestdagh P;Wower J;Clark MB;Quek XC;Dinger ME
通讯作者：
Dinger ME
影响因子：
3.7
作者：
Amarasinghe, J. J.;Connell, T. D.;Haase, E. M.
通讯作者：
Haase, E. M.
影响因子：
14.9
作者：
Griffiths-Jones, S;Bateman, A;Eddy, SR
通讯作者：
Eddy, SR