The transcriptionally active regions in the genome of Bacillus subtilis.
The transcriptionally active regions in the genome of Bacillus subtilis.
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DOI：
10.1111/j.1365-2958.2009.06830.x
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发表时间：
2009-09
影响因子：
3.6
通讯作者：
Jarmer H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Rasmussen S;Nielsen HB;Jarmer H
到目前为止，所有基因中的大多数已经通过计算机基因发现系统地鉴定和注释。在这里，我们报告的发现3662链特异性转录活性区（TAR）的枯草芽孢杆菌基因组中使用平铺阵列。我们已经测量了在富（LB）和最小（M9）培养基上的中期指数生长期间的全基因组表达。所确定的TAR占目前注释的基因的77.3%，此外，我们发现84个推定的非编码RNA（ncRNA）和127个反义转录本。一个ncRNA，ncr22，预计作为一个翻译控制cstA和反义转录物观察到相反的管家σ因子sigA。通过这项工作，我们在一组膜相关基因中发现了一个长时间保守的3′非翻译区（UTR），预计它将折叠成一个大而高度稳定的二级结构。具有该尾部的基因之一是efeN，其编码双精氨酸易位酶（达特）蛋白易位系统的靶标。
The majority of all genes have so far been identified and annotated systematically through in silico gene finding. Here we report the finding of 3662 strand-specific transcriptionally active regions (TARs) in the genome of Bacillus subtilis by the use of tiling arrays. We have measured the genome-wide expression during mid-exponential growth on rich (LB) and minimal (M9) medium. The identified TARs account for 77.3% of the genes as they are currently annotated and additionally we find 84 putative non-coding RNAs (ncRNAs) and 127 antisense transcripts. One ncRNA, ncr22, is predicted to act as a translational control on cstA and an antisense transcript was observed opposite the housekeeping sigma factor sigA. Through this work we have discovered a long conserved 3′ untranslated region (UTR) in a group of membrane-associated genes that is predicted to fold into a large and highly stable secondary structure. One of the genes having this tail is efeN, which encodes a target of the twin-arginine translocase (Tat) protein translocation system.
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枯草芽孢杆菌和相关物种中转录终止剂的预测。
影响因子：
4.3
作者：
de Hoon, Michiel J L;Makita, Yuko;Nakai, Kenta;Miyano, Satoru
通讯作者：
Miyano, Satoru
影响因子：
3.2
作者：
Gaidenko, Tatiana A.;Kim, Tae-Jong;Price, Chester W.
通讯作者：
Price, Chester W.
影响因子：
56.9
作者：
Bertone, P;Stolc, V;Snyder, M
通讯作者：
Snyder, M
影响因子：
3.2
作者：
Eiamphungporn, Warawan;Helmann, John D.
通讯作者：
Helmann, John D.
DOI：
10.1073/pnas.0711752105
发表时间：
2008-08-19
影响因子：
11.1
作者：
Gaballa, Ahmed;Antelmann, Haike;Helmann, John D.
通讯作者：
Helmann, John D.