Gene-gene relationships in an Escherichia coli accessory genome are linked to function and mobility.
Gene-gene relationships in an Escherichia coli accessory genome are linked to function and mobility.
复制标题
大肠杆菌辅助基因组中的基因-基因关系与功能和移动性相关。
DOI：
10.1099/mgen.0.000650
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发表时间：
2021-09
影响因子：
3.9
通讯作者：
McInerney JO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hall RJ;Whelan FJ;Cummins EA;Connor C;McNally A;McInerney JO
泛基因组包含一个物种编码的所有基因，核心基因组存在于所有菌株中，辅助基因组仅存在于一个子集中。在辅助基因组中，预期存在重合基因关系，其中一个基因的存在或不存在受到另一个基因的存在或不存在的影响。在这里，我们分析了一个辅助基因组， 大肠杆菌 pangenome由来自20个序列类型的400个基因组组成，以鉴定显示彼此显著共现或回避模式的基因。我们提出了一个复杂的基因网络，这些基因要么被发现在一起，要么比偶然预期的更经常地避免彼此，并表明这些关系因血统而异。我们证明了基因共同出现的功能，几个高度连接的基因关系与移动的遗传因素。我们发现，基因更有可能与辅助基因组中的另一个基因共存，而不是避免。这项工作进一步加深了我们对原核生物泛基因组动态性质的理解，并暗示功能和移动性都是基因关系的驱动因素。
The pangenome contains all genes encoded by a species, with the core genome present in all strains and the accessory genome in only a subset. Coincident gene relationships are expected within the accessory genome, where the presence or absence of one gene is influenced by the presence or absence of another. Here, we analysed the accessory genome of an Escherichia coli pangenome consisting of 400 genomes from 20 sequence types to identify genes that display significant co-occurrence or avoidance patterns with one another. We present a complex network of genes that are either found together or that avoid one another more often than would be expected by chance, and show that these relationships vary by lineage. We demonstrate that genes co-occur by function, and that several highly connected gene relationships are linked to mobile genetic elements. We find that genes are more likely to co-occur with, rather than avoid, another gene in the accessory genome. This work furthers our understanding of the dynamic nature of prokaryote pangenomes and implicates both function and mobility as drivers of gene relationships.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T
影响因子：
4.8
作者：
Cornet, F;Hallet, B;Sherratt, DJ
通讯作者：
Sherratt, DJ
影响因子：
10.7
作者：
Nguyen LT;Schmidt HA;von Haeseler A;Minh BQ
通讯作者：
Minh BQ
影响因子：
5.8
作者：
Hentschel, U;Hacker, J
通讯作者：
Hacker, J
影响因子：
3.2
作者：
Handa, N;Kobayashi, I
通讯作者：
Kobayashi, I