Population structure and transmission of Mycobacterium bovis in Ethiopia
Population structure and transmission of Mycobacterium bovis in Ethiopia
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埃塞俄比亚牛分枝杆菌的种群结构和传播
DOI：
10.1101/2020.11.17.386748
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Almaw G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Almaw G
牛结核病(BTB)在埃塞俄比亚的牛中流行，埃塞俄比亚是非洲最大的国家牛群的所在地。集约化奶制品部门的疾病患病率最高，其中大部分位于城市周边。埃塞俄比亚以前的研究表明，主要原因是牛分枝杆菌(M.bovis)，已经使用传统的分子工具进行了研究，包括缺失分型、分型和分枝杆菌散布单位可变数目串联重复序列(Miru-Variable Nument Tandem Repeat，Miru-VNTR)。在这里，我们使用全基因组测序(WGS)来研究埃塞俄比亚牛分枝杆菌的种群结构。总共对134个牛分枝杆菌分离株进行了测序，其中包括来自85头主要是奶牛的128个基因组和来自埃塞俄比亚12个研究地点的6个从人类分离的基因组。这些基因组很好地代表了先前所描述的牛分枝杆菌种群结构，并证明该种群由克隆复合体非洲2(AF2)和欧洲3(EU3)主导。在这些分离物中观察到了一系列寄主内多样性，并发现了短距离和长距离传播的证据。结合以前发表的基因组，对EU3克隆复合体的可用基因组进行了详细的分析，发现在1950年至1987年期间，这种克隆复合体有两次明显的传入埃塞俄比亚，很可能是来自欧洲。这项工作对于帮助更好地了解埃塞俄比亚牛群中的牛结核病传播具有重要意义，并有可能为埃塞俄比亚及其他地区控制牛结核病的国家战略提供参考。
Bovine tuberculosis (bTB) is endemic in cattle in Ethiopia, a country that hosts the largest national cattle herd in Africa. The intensive dairy sector, most of which is peri-urban, has the highest prevalence of disease. Previous studies in Ethiopia have demonstrated that the main cause is Mycobacterium bovis (M. bovis), which has been investigated using conventional molecular tools including deletion typing, spoligotyping and Mycobacterial interspersed repetitive unit-variable number tandem repeat (MIRU-VNTR). Here we use whole genome sequencing (WGS) to examine the population structure of M. bovis in Ethiopia. A total of 134 M. bovis isolates were sequenced including 128 genomes from 85 mainly dairy cattle and six genomes isolated from humans, originating from 12 study sites across Ethiopia. These genomes provided a good representation of the previously described population structure of M. bovis, based on spoligotyping and demonstrated that the population is dominated by the clonal complexes African 2 (Af2) and European 3 (Eu3). A range of within-host diversity was observed amongst the isolates and evidence was found for both short-and long-distance transmission. Detailed analysis of available genomes from the Eu3 clonal complex combined with previously published genomes revealed two distinct introductions of this clonal complex into Ethiopia between 1950 and 1987, likely from Europe. This work is important to help better understand bTB transmission in cattle in Ethiopia and can potentially inform national strategies for bTB control in Ethiopia and beyond.
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G. Ameni
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通讯作者：
C.S.M. Hopkirk D.V.Sc.
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S. Gordon
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通讯作者：
Smith, Noel H.
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发表时间：
2008-12-01
影响因子：
0.6
作者：
Elias, K.;Hussein, D.;Gebeyehu, M.
通讯作者：
Gebeyehu, M.