Informed-Proteomics: open-source software package for top-down proteomics.
Informed-Proteomics: open-source software package for top-down proteomics.
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DOI：
10.1038/nmeth.4388
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发表时间：
2017-09
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Kim S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Park J;Piehowski PD;Wilkins C;Zhou M;Mendoza J;Fujimoto GM;Gibbons BC;Shaw JB;Shen Y;Shukla AK;Moore RJ;Liu T;Petyuk VA;Tolić N;Paša-Tolić L;Smith RD;Payne SH;Kim S
自上而下的蛋白质组学是在没有蛋白水解的情况下以内源形式分析完整蛋白质，保留关于翻译后修饰、异构体和蛋白水解加工的有价值的信息。由于仪器和样品处理协议的进步，自上而下的LC-MS/MS数据集的质量正在迅速提高。然而，自上而下的质谱比传统的自下而上的数据要复杂得多。为了充分利用不断提高的数据质量，迫切需要开发用于可靠的蛋白质型鉴定和定量的算法和软件工具。在这项研究中，我们提出了一个新的开源软件套件，自上而下的蛋白质组学分析组成的LC-MS功能查找算法，数据库搜索算法，和一个交互式的结果查看器。使用人-鼠异种移植管腔和基底乳腺肿瘤样本评价了所呈现的工具沿着几种其他流行的工具，基于自下而上分析，已知这些样本在蛋白质丰度方面具有显著差异。
Top-down proteomics is the analysis of intact proteins in their endogenous form without proteolysis, preserving valuable information about post-translation modifications, isoforms and proteolytic processing. The quality of top-down LC-MS/MS datasets is rapidly increasing due to advances in instrumentation and sample processing protocols. However, the top-down mass spectra are substantially more complex compared to conventional bottom-up data. To take full advantage of the increasing data quality, there is an urgent need to develop algorithms and software tools for confident proteoform identification and quantification. In this study, we present a new open source software suite for top-down proteomics analysis consisting of an LC-MS feature finding algorithm, a database search algorithm, and an interactive results viewer. The presented tool along with several other popular tools were evaluated using human-in-mouse xenograft luminal and basal breast tumor samples that are known to have significant differences in protein abundance based on bottom-up analysis.
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影响因子：
4.4
作者：
Liu X;Hengel S;Wu S;Tolić N;Pasa-Tolić L;Pevzner PA
通讯作者：
Pevzner PA
影响因子：
7
作者：
Liu, Xiaowen;Sirotkin, Yakov;Pevzner, Pavel A.
通讯作者：
Pevzner, Pavel A.
影响因子：
7.4
作者：
Sun, Rui-Xiang;Luo, Lan;He, Si-Min
通讯作者：
He, Si-Min
DOI：
10.1016/j.jasms.2009.10.014
发表时间：
2010-02-01
影响因子：
3.2
作者：
Garcia, Benjamin A.
通讯作者：
Garcia, Benjamin A.
DOI：
10.1007/s13361-013-0789-4
发表时间：
2014-03
影响因子：
3.2
作者：
Guner, Huseyin;Close, Patrick L.;Cai, Wenxuan;Zhang, Han;Peng, Ying;Gregorich, Zachery R.;Ge, Ying
通讯作者：
Ge, Ying