TMFunction: database for functional residues in membrane proteins.
TMFunction: database for functional residues in membrane proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gkn672
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Fukui K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gromiha MM;Yabuki Y;Suresh MX;Thangakani AM;Suwa M;Fukui K
我们已经开发了数据库TMFunction，这是一个收集了超过2900个实验观察到的膜蛋白的功能残基。每个条目包括参数IC 50（化合物抑制生物功能的有效性的量度）、Vmax（最大转运速度）、突变体相对于野生型蛋白的相对活性、结合亲和力、解离常数等的数值，这对于理解膜蛋白的序列-结构-功能关系是重要的。此外，我们还提供了有关蛋白质名称和来源的信息，Uniprot和蛋白质数据库代码，突变和文献信息。此外，TMFunction还链接到相关数据库和其他资源。我们已经建立了一个具有不同搜索和显示选项的Web界面，以便用户能够以多种方式获取数据。TMFunction可在http://tmbeta-genome.cbrc.jp/TMFunction/上免费获得。
We have developed the database TMFunction, which is a collection of more than 2900 experimentally observed functional residues in membrane proteins. Each entry includes the numerical values for the parameters IC50 (measure of the effectiveness of a compound in inhibiting biological function), Vmax (maximal velocity of transport), relative activity of mutants with respect to wild-type protein, binding affinity, dissociation constant, etc., which are important for understanding the sequence–structure–function relationship of membrane proteins. In addition, we have provided information about name and source of the protein, Uniprot and Protein Data Bank codes, mutational and literature information. Furthermore, TMFunction is linked to related databases and other resources. We have set up a web interface with different search and display options so that users have the ability to get the data in several ways. TMFunction is freely available at http://tmbeta-genome.cbrc.jp/TMFunction/.
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