Computational modeling of laminin N-terminal domains using sparse distance constraints from disulfide bonds and chemical cross-linking.
Computational modeling of laminin N-terminal domains using sparse distance constraints from disulfide bonds and chemical cross-linking.
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使用二硫键和化学交联的稀疏距离约束对层粘连蛋白N末端结构域的计算建模。
DOI：
10.1002/prot.22848
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发表时间：
2010-12
影响因子：
2.9
通讯作者：
Sinz, Andrea
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kalkhof, Stefan;Haehn, Sebastian;Paulsson, Mats;Smyth, Neil;Meiler, Jens;Sinz, Andrea
关键词：
基底膜是薄薄的细胞外蛋白质层，将内皮细胞和上皮细胞与下面的连接组织隔开。基底膜的主要非胶原成分是层粘连蛋白，这是一种三聚体糖蛋白，它们通过N-末端(LN)结构域的相互作用形成聚合物网络，但到目前为止还没有层粘连蛋白LN结构域的高分辨率结构。为了构建层粘连蛋白β1和γ1 LN结构域的模型，用折叠识别方法确定了14个可能适合的模板结构。对于每个目标/模板组合，使用Rosetta创建了比较模型。最终的模型是基于它们与实验获得的天然交联物的距离限制，即二硫键以及通过与两个胺反应性交联剂反应获得的化学交联物的一致性来选择的。我们预测，层粘连蛋白β1和γ1 LN结构域共享半乳糖结合域样折叠。
Basement membranes are thin extracellular protein layers, which separate endothelial and epithelial cells from the underlying connecting tissue. The main non-collagenous components of basement membranes are laminins, trimeric glycoproteins, which form polymeric networks by interactions of their N-terminal (LN) domains; however, no high-resolution structure of laminin LN domains exists so far. To construct models for laminin β1 and γ1 LN domains 14 potentially suited template structures were determined using fold recognition methods. For each target/template-combination comparative models were created with Rosetta. Final models were selected based on their agreement with experimentally obtained distance constraints from natural cross-links, i.e., disulfide bonds as well as chemical cross-links obtained from reactions with two amine-reactive cross-linkers. We predict that laminin β1 and γ1 LN domains share the galactose-binding domain-like fold.
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DOI：
10.1073/pnas.0403072101
发表时间：
2004-06-15
影响因子：
11.1
作者：
Adams, TE;Hockin, MF;Everse, SJ
通讯作者：
Everse, SJ
DOI：
10.1038/nsb817
发表时间：
2002-08-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Bianchet, MA;Odom, EW;Amzel, LM
通讯作者：
Amzel, LM
影响因子：
3.5
作者：
Dong, Elizabeth;Smith, Jarrod;Meiler, Jens
通讯作者：
Meiler, Jens
影响因子：
14.9
作者：
Davis IW;Leaver-Fay A;Chen VB;Block JN;Kapral GJ;Wang X;Murray LW;Arendall WB 3rd;Snoeyink J;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC
影响因子：
1.1
作者：
HUANG, XQ;MILLER, W
通讯作者：
MILLER, W