Designing with living systems in the synthetic yeast project.
Designing with living systems in the synthetic yeast project.
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DOI：
10.1038/s41467-018-05332-z
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发表时间：
2018-07-27
影响因子：
16.6
通讯作者：
Calvert J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Szymanski E;Calvert J
合成生物学受到生命系统的复杂性和不可预测性的挑战。针对这种复杂性，一种应对方法是简化细胞以创建更完全特定的系统，另一种方法则是利用定向进化，放松一些控制并利用不可预测的变化来实现设计目标。在此，我们以在合成酵母项目中所采用的SCRaMbLE为例，探讨通过与生命系统协作进行的合成生物学设计。SCRaMbLE是一种被设计出来的工具，但又不是一种完全由设计决定的工具，它利用酵母的活性，而不是完全依赖科学家的刻意选择。我们认为，在整个生物体层面的定向进化使得科学家和微生物能够“合作”以实现设计目标，这为合成生物学指明了新的方向。
合成生物学常常将生物体视为一个可插入回路的底盘。在此，作者们探讨了将生物体作为设计的一个核心方面的理念，这有助于研究人员在SCRaMbLE所开拓的基因空间中探索。
Synthetic biology is challenged by the complexity and the unpredictability of living systems. While one response to this complexity involves simplifying cells to create more fully specified systems, another approach utilizes directed evolution, releasing some control and using unpredictable change to achieve design goals. Here we discuss SCRaMbLE, employed in the synthetic yeast project, as an example of synthetic biology design through working with living systems. SCRaMbLE is a designed tool without being a design tool, harnessing the activities of the yeast rather than relying entirely on scientists’ deliberate choices. We suggest that directed evolution at the level of the whole organism allows scientists and microorganisms to “collaborate” to achieve design goals, suggesting new directions for synthetic biology. Synthetic biology often views the organism as a chassis into which a circuit can be inserted. Here the authors explore the idea of the organism as a core aspect of design, aiding researchers in navigating the genetic space opened up by SCRaMbLE.
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影响因子：
14.9
作者：
Mitchell LA;Chuang J;Agmon N;Khunsriraksakul C;Phillips NA;Cai Y;Truong DM;Veerakumar A;Wang Y;Mayorga M;Blomquist P;Sadda P;Trueheart J;Boeke JD
通讯作者：
Boeke JD
影响因子：
1
作者：
Knuuttila, Tarja;Loettgers, Andrea
通讯作者：
Loettgers, Andrea
生物学定律：为什么这么少？
DOI：
10.1007/s11693-009-9049-0
发表时间：
2010-03
期刊：
Systems and synthetic biology
影响因子：
--
作者：
Dhar, Pawan K;Giuliani, Alessandro
通讯作者：
Giuliani, Alessandro
影响因子：
14.9
作者：
Guo Y;Dong J;Zhou T;Auxillos J;Li T;Zhang W;Wang L;Shen Y;Luo Y;Zheng Y;Lin J;Chen GQ;Wu Q;Cai Y;Dai J
通讯作者：
Dai J
DOI：
10.1126/science.1249252
发表时间：
2014-04-04
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Annaluru N;Muller H;Mitchell LA;Ramalingam S;Stracquadanio G;Richardson SM;Dymond JS;Kuang Z;Scheifele LZ;Cooper EM;Cai Y;Zeller K;Agmon N;Han JS;Hadjithomas M;Tullman J;Caravelli K;Cirelli K;Guo Z;London V;Yeluru A;Murugan S;Kandavelou K;Agier N;Fischer G;Yang K;Martin JA;Bilgel M;Bohutski P;Boulier KM;Capaldo BJ;Chang J;Charoen K;Choi WJ;Deng P;DiCarlo JE;Doong J;Dunn J;Feinberg JI;Fernandez C;Floria CE;Gladowski D;Hadidi P;Ishizuka I;Jabbari J;Lau CY;Lee PA;Li S;Lin D;Linder ME;Ling J;Liu J;Liu J;London M;Ma H;Mao J;McDade JE;McMillan A;Moore AM;Oh WC;Ouyang Y;Patel R;Paul M;Paulsen LC;Qiu J;Rhee A;Rubashkin MG;Soh IY;Sotuyo NE;Srinivas V;Suarez A;Wong A;Wong R;Xie WR;Xu Y;Yu AT;Koszul R;Bader JS;Boeke JD;Chandrasegaran S
通讯作者：
Chandrasegaran S