Bisulfite Amplicon Sequencing Can Detect Glia and Neuron Cell-Free DNA in Blood Plasma.
Bisulfite Amplicon Sequencing Can Detect Glia and Neuron Cell-Free DNA in Blood Plasma.
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DOI：
10.3389/fnmol.2021.672614
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发表时间：
2021
影响因子：
4.8
通讯作者：
Haghighi F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chatterton Z;Mendelev N;Chen S;Carr W;Kamimori GH;Ge Y;Dwork AJ;Haghighi F
对活体大脑进行采样既困难又危险，而抽取脑脊液会让受试者感到不舒服和恐惧，因此人们不断寻找新的实时分析来源。源自神经胶质细胞和神经元的游离 DNA (cfDNA) 为广泛的神经系统疾病诊断和监测提供了潜力。然而，需要新的实验室和生物信息学策略。单个 cfDNA 片段上的 DNA 甲基化模式可用于确定其细胞起源。在这里，我们描述了亚硫酸氢盐测序测定和生物信息学处理方法来识别源自神经胶质和神经元的 cfDNA。在概念验证实验中，我们描述了轻度创伤后人类受试者血浆中胶质细胞和神经元 cfDNA 的存在。这种神经胶质细胞和神经元 cfDNA 的检测代表了神经系统疾病液体活检的转化迈出了重要一步。
Sampling the live brain is difficult and dangerous, and withdrawing cerebrospinal fluid is uncomfortable and frightening to the subject, so new sources of real-time analysis are constantly sought. Cell-free DNA (cfDNA) derived from glia and neurons offers the potential for wide-ranging neurological disease diagnosis and monitoring. However, new laboratory and bioinformatic strategies are needed. DNA methylation patterns on individual cfDNA fragments can be used to ascribe their cell-of-origin. Here we describe bisulfite sequencing assays and bioinformatic processing methods to identify cfDNA derived from glia and neurons. In proof-of-concept experiments, we describe the presence of both glia- and neuron-cfDNA in the blood plasma of human subjects following mild trauma. This detection of glia- and neuron-cfDNA represents a significant step forward in the translation of liquid biopsies for neurological diseases.
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影响因子：
3.7
作者：
Boutte, Angela M.;Thangavelu, Bharani;Kamimori, Gary H.
通讯作者：
Kamimori, Gary H.
单细胞甲基组鉴定哺乳动物皮质中的神经元亚型和调节元素。
DOI：
10.1126/science.aan3351
发表时间：
2017-08-11
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Luo C;Keown CL;Kurihara L;Zhou J;He Y;Li J;Castanon R;Lucero J;Nery JR;Sandoval JP;Bui B;Sejnowski TJ;Harkins TT;Mukamel EA;Behrens MM;Ecker JR
通讯作者：
Ecker JR
影响因子：
48
作者：
Bazarian, Jeffrey J.;Biberthaler, Peter;Jagoda, Andy S.
通讯作者：
Jagoda, Andy S.
影响因子：
82.9
作者：
Nawroz, H;Koch, W;Sidransky, D
通讯作者：
Sidransky, D
影响因子：
12.3
作者：
Breitwieser FP;Baker DN;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL