MYBS: a comprehensive web server for mining transcription factor binding sites in yeast.
MYBS: a comprehensive web server for mining transcription factor binding sites in yeast.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkm379
复制
发表时间：
2007-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Li WH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsai HK;Chou MY;Shih CH;Huang GT;Chang TH;Li WH
转录因子（tf）与其结合位点（TFBSs）之间的正确相互作用对基因调控至关重要。近年来发展起来的染色质免疫沉淀DNA芯片（chip -chip）技术和系统发育足迹法提供了高精度鉴定TFBSs的方法。在这项研究中，我们构建了一个用户友好的交互式平台，以ChIP-chip数据和系统发育足迹作为两个过滤器来动态定位结合位点。MYBS （Mining Yeast Binding Sites）是一个综合的web服务器，它集成了来自11个数据库的一系列经过实验验证和预测的位置权重矩阵（PWMs），包括481个结合基序一致序列和71个PWMs，对应183个TFs。MYBS用户可以通过简单的motif或基因查询，结合上述两个过滤器，在该平台上搜索感兴趣基因的启动子中出现的motif（可能的结合位点）。此外，MYBS使用户能够并行地可视化给定一组基因的潜在调节因子，这一功能有助于发现tf之间潜在的调节关联。MYBS还允许用户识别每个TF对的靶基因集，这可以作为进一步探索TF组合调控的起点。MYBS的网址是http://cg1.iis.sinica.edu.tw/~mybs/。
Correct interactions between transcription factors (TFs) and their binding sites (TFBSs) are of central importance to gene regulation. Recently developed chromatin-immunoprecipitation DNA chip (ChIP-chip) techniques and the phylogenetic footprinting method provide ways to identify TFBSs with high precision. In this study, we constructed a user-friendly interactive platform for dynamic binding site mapping using ChIP-chip data and phylogenetic footprinting as two filters. MYBS (Mining Yeast Binding Sites) is a comprehensive web server that integrates an array of both experimentally verified and predicted position weight matrixes (PWMs) from eleven databases, including 481 binding motif consensus sequences and 71 PWMs that correspond to 183 TFs. MYBS users can search within this platform for motif occurrences (possible binding sites) in the promoters of genes of interest via simple motif or gene queries in conjunction with the above two filters. In addition, MYBS enables users to visualize in parallel the potential regulators for a given set of genes, a feature useful for finding potential regulatory associations between TFs. MYBS also allows users to identify target gene sets of each TF pair, which could be used as a starting point for further explorations of TF combinatorial regulation. MYBS is available at http://cg1.iis.sinica.edu.tw/~mybs/.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.3
作者：
Siddharthan, Rahul;Siggia, Eric D;van Nimwegen, Erik
通讯作者：
van Nimwegen, Erik
影响因子：
56.9
作者：
Chuang, RY;Weaver, PL;Chang, TH
通讯作者：
Chang, TH
影响因子：
16.8
作者：
Burckin, T;Nagel, R;Ares, M
通讯作者：
Ares, M
影响因子：
5.8
作者：
Zhu, J;Zhang, MQ
通讯作者：
Zhang, MQ
影响因子：
64.8
作者：
Kellis, M;Patterson, N;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES