Systematic chromosomal deletion of bacterial ribosomal protein genes.
Systematic chromosomal deletion of bacterial ribosomal protein genes.
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DOI：
10.1016/j.jmb.2011.09.004
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发表时间：
2011-11-04
影响因子：
5.6
通讯作者：
Schultz, Peter G.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shoji, Shinichiro;Dambacher, Corey M.;Shajani, Zahra;Williamson, James R.;Schultz, Peter G.
核糖体蛋白是蛋白质生物合成机制的重要组成部分，由于缺乏容易获得的相应基因的染色体缺失，对核糖体蛋白的详细研究受到阻碍。在这里，我们报告了系统的基因组缺失的41个单独的核糖体蛋白基因在大肠杆菌，这是不包括在庆应义塾收集。这些基因的染色体拷贝在存在可诱导的、易于交换的质粒产生的等位基因的情况下被抗生素抗性基因取代。使用该敲除收集物，发现9种核糖体蛋白（L15、L21、L24、L27、L29、L30、L34、S9和S17）在各种温度的诱导条件下对于存活是非必需的。结合以往的研究结果，分析表明，54个E.大肠杆菌核糖体蛋白基因可以从基因组中单独缺失。这些菌株还允许表达截短的蛋白质变体，以探测核糖体功能位点中RNA-蛋白质相互作用的重要性。这组菌株应增强核糖体组装/功能的体内研究，并可能最终允许核糖体蛋白质与RNA的系统取代。
Detailed studies of ribosomal proteins, essential components of the protein biosynthetic machinery, have been hampered by the lack of readily accessible chromosomal deletions of the corresponding genes. Here, we report the systematic genomic deletion of 41 individual ribosomal protein genes in Escherichia coli, which are not included in the Keio collection. Chromosomal copies of these genes were replaced by an antibiotic resistance gene in the presence of an inducible, easy-to-exchange plasmid-born allele. Using this knockout collection, 9 ribosomal proteins (L15, L21, L24, L27, L29, L30, L34, S9 and S17) were found nonessential for survival under induction conditions at various temperatures. Taken together with previous results, this analysis revealed that 22 of the 54 E. coli ribosomal protein genes can be individually deleted from the genome. These strains also allow expression of truncated protein variants to probe the importance of RNA-protein interactions in functional sites of the ribosome. This set of strains should enhance in vivo studies of ribosome assembly/function, and may ultimately allow systematic substitution of ribosomal proteins with RNA.
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通讯作者：
--
DOI：
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影响因子：
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作者：
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通讯作者：
Wanner, BL
DOI：
10.1126/science.1179709
发表时间：
2009-10-30
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gao YG;Selmer M;Dunham CM;Weixlbaumer A;Kelley AC;Ramakrishnan V
通讯作者：
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