Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming.
Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming.
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DOI：
10.1093/nar/gks412
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Akutsu T
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kato Y;Sato K;Asai K;Akutsu T
我们提出了一个基于网络的工具集Rtips快速，准确地预测RNA的二维复杂结构。Rtips包括两个基于整数规划的计算工具，IPknot用于预测具有伪结的RNA二级结构，RactIP用于预测具有接吻发夹的RNA-RNA相互作用。这两种服务器在大型数据集上的运行速度都比现有服务快得多，并且至少在预测准确性上相当。Rtips网络服务器沿着独立程序可在http://rna.naist.jp/上免费访问。
We present a web-based tool set Rtips for fast and accurate prediction of RNA 2D complex structures. Rtips comprises two computational tools based on integer programming, IPknot for predicting RNA secondary structures with pseudoknots and RactIP for predicting RNA–RNA interactions with kissing hairpins. Both servers can run much faster than existing services with the same purpose on large data sets as well as being at least comparable in prediction accuracy. The Rtips web server along with the stand-alone programs is freely accessible at http://rna.naist.jp/.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr215
发表时间：
2011-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Sato K;Kato Y;Hamada M;Akutsu T;Asai K
通讯作者：
Asai K
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp250
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darty K;Denise A;Ponty Y
通讯作者：
Ponty Y
影响因子：
14.9
作者：
Andronescu, M;Aguirre-Hernández, R;Hoos, HH
通讯作者：
Hoos, HH
影响因子：
2.9
作者：
MCCASKILL, JS
通讯作者：
MCCASKILL, JS
影响因子：
14.9
作者：
Gardner PP;Daub J;Tate J;Moore BL;Osuch IH;Griffiths-Jones S;Finn RD;Nawrocki EP;Kolbe DL;Eddy SR;Bateman A
通讯作者：
Bateman A