Rapid and Scalable Profiling of Nascent RNA with fastGRO.
Rapid and Scalable Profiling of Nascent RNA with fastGRO.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2020.108373
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发表时间：
2020-11-10
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Gardini A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barbieri E;Hill C;Quesnel-Vallières M;Zucco AJ;Barash Y;Gardini A
新生 RNA 的全基因组分析已成为研究转录调控的基本工具。与稳态 RNA 测序 (RNA-seq) 不同，新生 RNA 分析可反映 RNA 聚合酶的实时活动，并提供转录组范围内变异的准确读数。某些种类的核 RNA（即大型基因间非编码 RNA [lincRNA] 和 eRNA）的半衰期很短，只能通过新兴的 RNA 技术来准确测量。此外，新生的 RNA-seq 可以检测终止位点的切割后 RNA 和启动子相关的反义 RNA，从而深入了解 RNA 聚合酶 II (RNAPII) 动力学和持续合成能力。在这里，我们提出了一种使用 4-硫代核糖核苷酸 (4-S-UTP) 标记的连续检测，然后通过链霉亲和素进行可逆生物素化和亲和纯化。我们的方案可以在不到 3 天内简化样品制备。我们将该技术命名为 fastGRO（快速全局连续运行）。我们证明 fastGRO 具有高度可重复性，并且比同类技术能产生更完整、更广泛的新生 RNA 覆盖。重要的是，我们证明 fastGRO 是可扩展的，并且可以用少至 0.5 × 106 的细胞来执行。巴比耶里等人。开发了 fastGRO，这是一种基于核连续运行的新兴 RNA 测序技术。 fastGRO 使用简化的、不到 3 天的方案来跟踪 RNA 聚合酶的活性，以进行差异基因表达分析、聚合酶动力学研究以及低表达和不稳定 RNA 种类的分析。低输入 fastGRO 方案可分析低至 0.5 × 106 个细胞中的新生 RNA。
Genome-wide profiling of nascent RNA has become a fundamental tool to study transcription regulation. Unlike steady-state RNA-sequencing (RNA-seq), nascent RNA profiling mirrors real-time activity of RNA polymerases and provides an accurate readout of transcriptome-wide variations. Some species of nuclear RNAs (i.e., large intergenic noncoding RNAs [lincRNAs] and eRNAs) have a short half-life and can only be accurately gauged by nascent RNA techniques. Furthermore, nascent RNA-seq detects post-cleavage RNA at termination sites and promoter-associated antisense RNAs, providing insights into RNA polymerase II (RNAPII) dynamics and processivity. Here, we present a run-on assay with 4-thio ribonucleotide (4-S-UTP) labeling, followed by reversible biotinylation and affinity purification via streptavidin. Our protocol allows streamlined sample preparation within less than 3 days. We named the technique fastGRO (fast Global Run-On). We show that fastGRO is highly reproducible and yields a more complete and extensive coverage of nascent RNA than comparable techniques can. Importantly, we demonstrate that fastGRO is scalable and can be performed with as few as 0.5 × 106 cells. Barbieri et al. developed fastGRO, a nascent RNA-sequencing technique based on nuclear run-on. Using a streamlined, under-3-days protocol, fastGRO tracks the activity of RNA polymerase for differential gene expression analysis, polymerase kinetic studies, and profiling of lowly expressed and unstable RNA species. A low-input fastGRO protocol profiles nascent RNA in as little as 0.5 × 106 cells.
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使用有效和可逆的共价化学跟踪不同的RNA群体。
影响因子：
16
作者：
Duffy EE;Rutenberg-Schoenberg M;Stark CD;Kitchen RR;Gerstein MB;Simon MD
通讯作者：
Simon MD
影响因子：
64.8
作者：
Lai F;Gardini A;Zhang A;Shiekhattar R
通讯作者：
Shiekhattar R
影响因子：
64.5
作者：
Bose DA;Donahue G;Reinberg D;Shiekhattar R;Bonasio R;Berger SL
通讯作者：
Berger SL
DOI：
10.1111/febs.13101
发表时间：
2015-05
期刊：
The FEBS journal
影响因子：
--
作者：
Gardini A;Shiekhattar R
通讯作者：
Shiekhattar R
影响因子：
16
作者：
Heinz S;Benner C;Spann N;Bertolino E;Lin YC;Laslo P;Cheng JX;Murre C;Singh H;Glass CK
通讯作者：
Glass CK