HIPSTR and thousands of lncRNAs are heterogeneously expressed in human embryos, primordial germ cells and stable cell lines.
HIPSTR and thousands of lncRNAs are heterogeneously expressed in human embryos, primordial germ cells and stable cell lines.
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DOI：
10.1038/srep32753
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发表时间：
2016-09-08
影响因子：
4.6
通讯作者：
Verjovski-Almeida S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yunusov D;Anderson L;DaSilva LF;Wysocka J;Ezashi T;Roberts RM;Verjovski-Almeida S
真核基因组被转录成许多调节性长非编码RNA (lncRNA)。与 mRNA 相比，lncRNA 显示出更高的发育阶段、组织和细胞亚型表达特异性，并且通常在细胞群中含量较低。尽管以单细胞为中心的研究取得了进展，但同质细胞群体中 lncRNA 群体水平低表达的起源仍知之甚少。在这里，我们鉴定了 HIPSTR（异质表达自 TFAP2A 位点 RNA 的内含子正链），这是发育调控 TFAP2A 位点中的一种新型 lncRNA 基因。 HIPSTR 具有进化上保守的表达模式，其启动子在未分化细胞中最活跃，HEK293 和多能 H1BP 细胞中 HIPSTR 的缺失主要影响参与早期有机体发育和细胞分化的基因。最重要的是，我们发现 HIPSTR 在胚胎基因组激活的主要浪潮期间在 8 细胞阶段人类胚胎中被特异性诱导和异质表达。我们系统地探索了基因表达的细胞间变异现象，并将其与 lncRNA 的低群体水平表达联系起来，结果表明，与 HIPSTR 类似，数千种 lncRNA 的表达比个体中 mRNA 的表达具有更高的异质性，否则全能人类胚胎、原始生殖细胞和稳定细胞系的细胞无法区分。
Eukaryotic genomes are transcribed into numerous regulatory long non-coding RNAs (lncRNAs). Compared to mRNAs, lncRNAs display higher developmental stage-, tissue-, and cell-subtype-specificity of expression, and are generally less abundant in a population of cells. Despite the progress in single-cell-focused research, the origins of low population-level expression of lncRNAs in homogeneous populations of cells are poorly understood. Here, we identify HIPSTR (Heterogeneously expressed from the Intronic Plus Strand of the TFAP2A-locus RNA), a novel lncRNA gene in the developmentally regulated TFAP2A locus. HIPSTR has evolutionarily conserved expression patterns, its promoter is most active in undifferentiated cells, and depletion of HIPSTR in HEK293 and in pluripotent H1BP cells predominantly affects the genes involved in early organismal development and cell differentiation. Most importantly, we find that HIPSTR is specifically induced and heterogeneously expressed in the 8-cell-stage human embryos during the major wave of embryonic genome activation. We systematically explore the phenomenon of cell-to-cell variation of gene expression and link it to low population-level expression of lncRNAs, showing that, similar to HIPSTR, the expression of thousands of lncRNAs is more highly heterogeneous than the expression of mRNAs in the individual, otherwise indistinguishable cells of totipotent human embryos, primordial germ cells, and stable cell lines.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
10.5
作者：
Cabili, Moran N.;Trapnell, Cole;Rinn, John L.
通讯作者：
Rinn, John L.
人类原始生殖细胞的转录组和 DNA 甲基化组景观
影响因子：
64.5
作者：
Guo, Fan;Yan, Liying;Qiao, Jie
通讯作者：
Qiao, Jie
影响因子：
11.8
作者：
Guo, Guoji;Huss, Mikael;Robson, Paul
通讯作者：
Robson, Paul