Revised nomenclature for transposable genetic elements.
Revised nomenclature for transposable genetic elements.
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DOI：
10.1016/j.plasmid.2008.08.001
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发表时间：
2008-11
期刊：
影响因子：
2.6
通讯作者：
Berg DE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Roberts AP;Chandler M;Courvalin P;Guédon G;Mullany P;Pembroke T;Rood JI;Smith CJ;Summers AO;Tsuda M;Berg DE
转座DNA元件自然存在于几乎所有种类的原核生物的基因组中。20世纪70年代，一项关于统一的可转置元素命名法的提议在很大程度上发表了，但目前甚至还没有以抽象形式在网上提供，许多新发现的元素的命名都没有参考它。我们在这里提出了原始命名系统的更新版本，用于除插入序列之外的所有各种类型的原核生物、自主的、转座的元件，对于这些插入序列，已经存在命名系统。这里描述的转座元件的这种包含性和顺序的TN编号系统的使用认识到单个元件的物种间扩散的简易性，并允许命名包含来自两种或更多先前描述的类型的转座子或质粒的片段的镶嵌元件。它将防止未来在细菌命名变化后重新命名元素的必要性，这种变化随着我们对细菌系统发育和分类分类的了解不断增加而发生。它还考虑到元基因组测序项目的日益重要性，以及继续从未知宿主中识别新的移动元件。
Transposable DNA elements occur naturally in the genomes of nearly all species of prokaryotes. A proposal for a uniform transposable element nomenclature was published prominently in the 1970s but is not, at present, available online even in abstract form, and many of the newly discovered elements have been named without reference to it. We propose here an updated version of the original nomenclature system for all of the various types of prokaryotic, autonomous, transposable elements excluding insertion sequences, for which a nomenclature system already exists. The use of this inclusive and sequential Tn numbering system for transposable elements described here recognizes the ease of interspecies spread of individual elements, and allows for the naming of mosaic elements containing segments from two or more previously described types of transposons or plasmids. It will guard against a future necessity to rename elements following changes in bacterial nomenclature which occurs constantly with our increased understanding of bacterial phylogenies and taxonomic groupings. It also takes into account the increasing importance of metagenomic sequencing projects and the continued identification of new mobile elements from unknown hosts.
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