A mitogenomic phylogeny of living primates.
A mitogenomic phylogeny of living primates.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0069504
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Roos C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Finstermeier K;Zinner D;Brameier M;Meyer M;Kreuz E;Hofreiter M;Roos C
灵长类，包括我们自己的物种在内的哺乳动物，包括78属480种。因此，它们是18个真兽目哺乳动物中第三大的。虽然最近灵长类动物的系统发育研究越来越多地建立在分子数据集上，但大多数研究都集中在该目的分类亚组上。完整的线粒体（mt）基因组已被证明是非常有用的破译内部秩序的关系，甚至深节点。使用454测序，我们测序了32个新的完整的mt基因组，增加了20个以前没有代表的属的灵长类动物的系统发育重建树。有了13个新的序列，扁鼻亚目猴的完整mt基因组的数量得到了广泛的扩展，导致新世界猴家族之间的分支模式基本上得到了解决。我们添加了10个新的Strepsirrhini mt基因组到15个以前可用的基因组中，从而使该分支中的mt基因组数量几乎翻了一番。我们的数据可以精确估计所有节点的日期，并为灵长类动物进化提供新的见解。一个主要的结果是，所有现存灵长类动物最近的共同祖先的年代相对较早，估计为6600万至6900万年前，这表明现存灵长类动物的分化开始于K/T边界附近。虽然一些关系仍然不清楚，大量的mt基因组的使用，使我们能够重建一个强大的灵长类动物的亲缘关系，这是在很大程度上与以前的出版物。最后，我们表明，mt基因组是一个有用的工具，解决灵长类动物的系统发育关系的各个分类水平。
Primates, the mammalian order including our own species, comprise 480 species in 78 genera. Thus, they represent the third largest of the 18 orders of eutherian mammals. Although recent phylogenetic studies on primates are increasingly built on molecular datasets, most of these studies have focused on taxonomic subgroups within the order. Complete mitochondrial (mt) genomes have proven to be extremely useful in deciphering within-order relationships even up to deep nodes. Using 454 sequencing, we sequenced 32 new complete mt genomes adding 20 previously not represented genera to the phylogenetic reconstruction of the primate tree. With 13 new sequences, the number of complete mt genomes within the parvorder Platyrrhini was widely extended, resulting in a largely resolved branching pattern among New World monkey families. We added 10 new Strepsirrhini mt genomes to the 15 previously available ones, thus almost doubling the number of mt genomes within this clade. Our data allow precise date estimates of all nodes and offer new insights into primate evolution. One major result is a relatively young date for the most recent common ancestor of all living primates which was estimated to 66-69 million years ago, suggesting that the divergence of extant primates started close to the K/T-boundary. Although some relationships remain unclear, the large number of mt genomes used allowed us to reconstruct a robust primate phylogeny which is largely in agreement with previous publications. Finally, we show that mt genomes are a useful tool for resolving primate phylogenetic relationships on various taxonomic levels.
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