ELIXIR: providing a sustainable infrastructure for life science data at European scale.
ELIXIR: providing a sustainable infrastructure for life science data at European scale.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab481
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发表时间：
2021-08-25
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Blomberg N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Harrow J;Drysdale R;Smith A;Repo S;Lanfear J;Blomberg N
2012 年，数字宇宙研究报告称“世界上只有不到 1% 的数据得到了分析，不到 20% 的数据得到了保护”，并建议需要制定管理计划来利用这些数据流的潜力（Gantz 和 Reinsel，2012 年）。生命科学是一门依赖于大量数字数据的生成、共享和综合分析的数据科学。然而，这些数据复杂且分散，给它们的集成和重用造成了重大障碍。世界各地数千个设施为不同的研究目的生成数据，具有不同的格式、注释、方法和元数据标准。解释这些数据很困难，并且通常涉及集成来自多个来源的非常大的数据集。某些数据类型（例如在受控访问下存档的敏感人类数据）需要保护，因此数据联合和共享在这种情况下是一个挑战（Saunders 等，2019）。自 2013 年 12 月正式推出以来，欧洲生命科学数据基础设施 ELIXIR (https://elixir-europe.org/) 一直致力于通过将欧洲国家中心和核心生物信息学资源整合到一个单一的、协调的基础设施中来应对这些挑战。许多欧洲国家早已建立了国家生物信息学基础设施，为国内和国际用户提供工具、数据资源和云服务。 ELIXIR 投资并旨在维持这些重要资源，并确保促进科学发现的互操作性水平。事实上，为了让研究在数据丰富的世界中蓬勃发展，所有组件（研究数据、分析工具、标准以及计算资源和培训材料）都必须是公平的——可查找、可访问、可互操作和可重用（Wilkinson 等，2016）。 ELIXIR 支持欧洲生命科学家使数据公平，确保收益远远超出那些积极参与 ELIXIR 的人，此外，鼓励所有资助者采用开放科学指令。
In 2012, the Digital Universe Study reported that ‘less than 1% of the World’s data is analyzed and less than 20% is protected’and recommended that management plans were needed to harness the potential within these data streams (Gantz and Reinsel, 2012). Life science is a data science that is dependent on the generation, sharing and integrative analysis of vast quantities of digital data. However, these data are complex and fragmented, creating a significant barrier to their integration and reuse. Data are generated for different research purposes at thousands of facilities across the world, with diverse formats, annotations, methodologies and metadata standards. Interpreting this data is difficult and often involves integrating very large datasets from multiple sources. Certain data types such as sensitive human data archived under controlled access require protection, so data federation and sharing are a challenge in this context (Saunders et al., 2019).Since its official launch in December 2013, ELIXIR (https://elixir-europe. org/), the European infrastructure for life science data, has worked to address these challenges by bringing Europe’s national centers and core bioinformatics resources into a single, coordinated infrastructure. Many European countries have longestablished national bioinformatics infrastructures that provide tools, data resources and cloud services to national and international users. ELIXIR invests in and aims to sustain these vital resources and ensure a level of interoperability that facilitates scientific discovery. Indeed, for research to thrive in a world of data abundance, all components (research data, analysis tools, standards as well as computational resources and training materials) must be FAIR—findable, accessible, interoperable and reusable (Wilkinson et al., 2016). ELIXIR supports European life scientists in making data FAIR, ensuring that the benefits extend far beyond those actively participating in ELIXIR, and, additionally, encourages all funders to adopt Open Science mandates.
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影响因子：
2.9
作者：
Haas J;Barbato A;Behringer D;Studer G;Roth S;Bertoni M;Mostaguir K;Gumienny R;Schwede T
通讯作者：
Schwede T
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx192
发表时间：
2017-08-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
da Veiga Leprevost F;Grüning BA;Alves Aflitos S;Röst HL;Uszkoreit J;Barsnes H;Vaudel M;Moreno P;Gatto L;Weber J;Bai M;Jimenez RC;Sachsenberg T;Pfeuffer J;Vera Alvarez R;Griss J;Nesvizhskii AI;Perez-Riverol Y
通讯作者：
Perez-Riverol Y
影响因子：
--
作者：
Robertsen, Espen Mikal;Denise, Hubert;Willassen, Nils Peder
通讯作者：
Willassen, Nils Peder
影响因子：
--
作者：
Eijssen, Lars;Evelo, Chris;Hooft, Rob
通讯作者：
Hooft, Rob
影响因子：
9.5
作者：
Gerritsen, Vivienne Baillie;Palagi, Patricia M.;Durinx, Christine
通讯作者：
Durinx, Christine