BioContainers: an open-source and community-driven framework for software standardization.
BioContainers: an open-source and community-driven framework for software standardization.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx192
复制
发表时间：
2017-08-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Perez-Riverol Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
da Veiga Leprevost F;Grüning BA;Alves Aflitos S;Röst HL;Uszkoreit J;Barsnes H;Vaudel M;Moreno P;Gatto L;Weber J;Bai M;Jimenez RC;Sachsenberg T;Pfeuffer J;Vera Alvarez R;Griss J;Nesvizhskii AI;Perez-Riverol Y
BioContainers(BioContainers.Pro)是一个开源和社区驱动的框架，它为生物信息学软件提供了独立于平台的可执行环境。BioContainers允许各种规模的实验室轻松安装生物信息学软件，维护同一软件的多个版本，并将工具组合到强大的分析管道中。BioContainers基于流行的开源项目Docker和RKT框架，允许在隔离和受控的环境中安装和执行软件。此外，它还提供了创建、管理和分发生物信息学容器的基础设施和基本指导方针，特别关注组学技术。这些容器可以集成到更全面的生物信息管道和不同的架构(本地桌面、云环境或HPC集群)中。该软件可以在githorb.com/BioContainers/上免费获得。
BioContainers (biocontainers.pro) is an open-source and community-driven framework which provides platform independent executable environments for bioinformatics software. BioContainers allows labs of all sizes to easily install bioinformatics software, maintain multiple versions of the same software and combine tools into powerful analysis pipelines. BioContainers is based on popular open-source projects Docker and rkt frameworks, that allow software to be installed and executed under an isolated and controlled environment. Also, it provides infrastructure and basic guidelines to create, manage and distribute bioinformatics containers with a special focus on omics technologies. These containers can be integrated into more comprehensive bioinformatics pipelines and different architectures (local desktop, cloud environments or HPC clusters). The software is freely available at github.com/BioContainers/.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Wolstencroft K;Haines R;Fellows D;Williams A;Withers D;Owen S;Soiland-Reyes S;Dunlop I;Nenadic A;Fisher P;Bhagat J;Belhajjame K;Bacall F;Hardisty A;Nieva de la Hidalga A;Balcazar Vargas MP;Sufi S;Goble C
通讯作者：
Goble C
影响因子：
48
作者：
Roest, Hannes L.;Sachsenberg, Timo;Kohlbacher, Oliver
通讯作者：
Kohlbacher, Oliver
DOI：
10.1016/j.bbapap.2013.02.032
发表时间：
2014-01
期刊：
Biochimica et biophysica acta
影响因子：
--
作者：
Perez-Riverol Y;Wang R;Hermjakob H;Müller M;Vesada V;Vizcaíno JA
通讯作者：
Vizcaíno JA
影响因子：
14.9
作者：
Afgan E;Baker D;van den Beek M;Blankenberg D;Bouvier D;Čech M;Chilton J;Clements D;Coraor N;Eberhard C;Grüning B;Guerler A;Hillman-Jackson J;Von Kuster G;Rasche E;Soranzo N;Turaga N;Taylor J;Nekrutenko A;Goecks J
通讯作者：
Goecks J
影响因子：
--
作者：
Moreews, Francois;Sallou, Olivier;Collin, Olivier
通讯作者：
Collin, Olivier