The complete plastome sequence of Pentactina rupicola Nakai (Rosaceae), a genus endemic to Korea.
The complete plastome sequence of Pentactina rupicola Nakai (Rosaceae), a genus endemic to Korea.
复制标题
DOI：
10.1080/23802359.2016.1225523
复制
发表时间：
2016-09-18
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kim KJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim HW;Kim KJ
本研究测定了朝鲜特有的Pentactina属的唯一成员Pentactina rupicola Nakai的完整质体基因组（质体组）。岩生假单胞菌的质体组长度为156，612 bp，由一对26，351 bp反向重复区（伊拉和IRb）组成，分别分隔84，970和18，940 bp的大（LSC）和小（SSC）单拷贝区（NCBI acc.no.NC016921）。质体组编码129个基因，其中112个是独特的，包括78个蛋白质编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。17个基因含有一个内含子，ycf3基因含有两个内含子。clpP的第二内含子在岩生青霉质体中缺失。岩生单胞菌的AT含量总体上为63%，并且在LSC、SSC和IR区域中分别为65%、69%和58%。共有63个简单重复序列（SSR）分布在基因组的非编码区。对35个质体的82个基因数据集的系统发育分析表明，P. rupicola是Pyrusmalus分支的姐妹。
The complete plastid genome (plastome) of Pentactina rupicola Nakai, the sole member of genus Pentactina, endemic to Korea, was determined in this study. The plastome of P. rupicola is 156,612 bp in length and is composed of a pair of 26,351 bp inverted repeat regions (IRa and IRb) separating large (LSC) and small (SSC) single-copy regions of 84,970 and 18,940 bp, respectively (NCBI acc. no. NC 016921). The plastome encodes 129 genes, of which 112 are unique, including 78 protein-coding genes, 30 tRNA genes, and 4 rRNA genes. Seventeen genes contain one intron and the ycf3 gene has two introns. The second intron of clpP is absent in the P. rupicola plastome. The AT content of P. rupicola is 63% overall, and in the LSC, SSC, and IR regions is 65%, 69%, and 58%, respectively. A total of 63 simple sequence repeats (SSR) are distributed among the noncoding regions of the genome. Phylogenetic analysis of the combined 82-gene data set for 35 plastomes suggests that P. rupicola is sister to the Pyrusmalus clade.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Wyman, SK;Jansen, RK;Boore, JL
通讯作者：
Boore, JL
影响因子：
3.8
作者：
Kim, Young-Kyu;Park, Chong-wook;Kim, Ki-Joong
通讯作者：
Kim, Ki-Joong
影响因子：
4.1
作者：
Kim, KJ;Lee, HL
通讯作者：
Lee, HL
影响因子：
1.9
作者：
Lee, Chunghee;Hong, Suk-Pyo
通讯作者：
Hong, Suk-Pyo
影响因子：
2.4
作者：
Ravi, V.;Khurana, Jitendra P.;Khurana, Paramjit
通讯作者：
Khurana, Paramjit