Recognition of HIV-TAR RNA using neomycin-benzimidazole conjugates.
Recognition of HIV-TAR RNA using neomycin-benzimidazole conjugates.
复制标题
DOI：
10.1016/j.bmcl.2013.08.014
复制
发表时间：
2013-10-15
影响因子：
2.7
通讯作者：
Arya, Dev P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ranjan, Nihar;Kumar, Sunil;Watkins, Derrick;Wang, Deyun;Appella, Daniel H.;Arya, Dev P.
介绍了一类新型化合物的合成及其与 TAR-RNA 的生物物理研究。这些化合物的合成是通过将新霉素（一种氨基糖苷类）与以 B-DNA 小沟结合剂 Hoechst 33258 为模型的苯并咪唑结合来实现的。新霉素-苯并咪唑结合物具有不同的连接体，用于连接苯并咪唑和新霉素单元。这些缀合物中不同长度（5-23 个原子）的连接体含有 1 至 3 个三唑单元。 UV热变性实验表明，与缀合物合成中使用的新霉素或苯并咪唑相比，缀合物使TAR-RNA更加稳定。 FID 置换和 tat-TAR 抑制测定证实了这些结果。配体与 TARRNA 的结合受接头长度和组成的影响。我们的结果表明，增加这些化合物中三唑基团的数量和接头长度对与 TAR-RNA 的结合的影响减弱。连接子长度较短且连接子中三唑单元较少的化合物表现出对 TAR RNA 的亲和力增加。
Synthesis of a novel class of compounds and their biophysical studies with TAR-RNA are presented. The synthesis of these compounds was achieved by conjugating neomycin, an aminoglycoside, with benzimidazoles modeled from a B-DNA minor groove binder, Hoechst 33258. The neomycin-benzimidazole conjugates have varying linkers that connect the benzimidazole and neomycin units. The linkers of varying length (5-23 atoms) in these conjugates contain one to three triazole units. The UV thermal denaturation experiments showed that the conjugates resulted in greater stabilization of the TAR-RNA than either neomycin or benzimidazole used in the synthesis of conjugates. These results were corroborated by the FID displacement and tat-TAR inhibition assays. The binding of ligands to the TARRNA is affected by the length and composition of the linker. Our results show that increasing the number of triazole groups and the linker length in these compounds have diminishing effect on the binding to TAR-RNA. Compounds that have shorter linker length and fewer triazole units in the linker displayed increased affinity towards the TAR RNA.
登录
查看更多内容
影响因子：
2.7
作者：
He, MZ;Yuan, DK;Yang, M
通讯作者：
Yang, M
影响因子：
15
作者：
Boger, DL;Fink, BE;Hedrick, MP
通讯作者：
Hedrick, MP
影响因子：
14.9
作者：
Bailly, C;Colson, P;Hamy, F
通讯作者：
Hamy, F
影响因子：
14.9
作者：
Kypr J;Kejnovská I;Renciuk D;Vorlícková M
通讯作者：
Vorlícková M
影响因子：
1.1
作者：
KELLY, DP;BATEMAN, SA;WHITTAKER, ARD
通讯作者：
WHITTAKER, ARD