Reconstruction of the mouse otocyst and early neuroblast lineage at single-cell resolution.
Reconstruction of the mouse otocyst and early neuroblast lineage at single-cell resolution.
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DOI：
10.1016/j.cell.2014.03.036
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发表时间：
2014-05-08
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Heller S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Durruthy-Durruthy R;Gottlieb A;Hartman BH;Waldhaus J;Laske RD;Altman R;Heller S
耳囊中含有成熟内耳的大多数细胞类型的祖细胞。发育谱系分析和基因表达的研究表明，不同的祖细胞群体划分为离散的轴域在早期的耳囊。在这里，我们进行了高度平行的定量RT-PCR反应，对382个个体细胞从发展中的耳囊和神经母细胞谱系测定96个基因，代表已建立的耳标志物，信号通路相关的转录本，和新的耳特异性基因。通过对数据矩阵应用多变量聚类、主成分和网络分析，我们能够很容易地区分分层的神经母细胞，并以单细胞分辨率描述该群体中基因表达的进展状态。它进一步建立了耳囊的三维模型，其中每个单独的细胞可以精确地映射到空间表达域。我们的生物信息学模型揭示了在早期成神经细胞发育和前感觉域特化过程中活跃的不同信号通路的空间动态。
The otocyst harbors progenitors for most cell types of the mature inner ear. Developmental lineage analysis and gene expression studies suggest that distinct progenitor populations are compartmentalized to discrete axial domains in the early otocyst. Here, we conducted highly parallel quantitative RT-PCR reactions on 382 individual cells from the developing otocyst and neuroblast lineages to assay 96 genes representing established otic markers, signaling pathway associated transcripts, and novel otic-specific genes. By applying multivariate cluster, principal component and network analyses to the data matrix, we were able to readily distinguish the delaminating neuroblasts, and to describe progressive states of gene expression in this population at single cell resolution. It further established a three-dimensional model of the otocyst where each individual cell can be precisely mapped into spatial expression domains. Our bioinformatic modeling revealed spatial dynamics of different signaling pathways active during early neuroblast development and prosensory domain specification.
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影响因子：
2.7
作者：
Alsina, B;Abelló, G;Giraldez, F
通讯作者：
Giraldez, F
影响因子：
48
作者：
Kalisky, Tomer;Quake, Stephen R.
通讯作者：
Quake, Stephen R.
DOI：
10.1002/neu.10098
发表时间：
2002-11-05
期刊：
JOURNAL OF NEUROBIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Fritzsch, B;Beisel, KW;Reichardt, LF
通讯作者：
Reichardt, LF
影响因子：
64.8
作者：
Kiernan, AE;Pelling, AL;Cheah, KSE
通讯作者：
Cheah, KSE
影响因子：
2.7
作者：
Chang, WS;Nunes, FD;Wu, DK
通讯作者：
Wu, DK