Assessment of targeted enrichment locus capture across time and museums using odonate specimens
Assessment of targeted enrichment locus capture across time and museums using odonate specimens
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使用 odonate 标本评估跨时间和博物馆的目标富集位点捕获
DOI：
10.1093/isd/ixad011
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发表时间：
2023
影响因子：
3.4
通讯作者：
Kalkman, Vincent J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Goodman, Aaron;Tolman, Ethan;Uche-Dike, Rhema;Abbott, John;Breinholt, Jesse W.;Bybee, Seth;Frandsen, Paul B.;Gosnell, J. Stephen;Guralnick, Rob;Kalkman, Vincent J.
使用从博物馆标本中分离的 gDNA 进行高通量测序，特别是系统发育学背景下的靶向测序，是一种常见的做法。然而，人们对 DNA 质量与博物馆 DNA 测序结果的比较却知之甚少。蜻蜓和豆娘在淡水生态系统中无处不在，通常是博物馆收藏中收集和保存的昆虫，因此在本研究中使用它们。然而，不同时期和不同博物馆的奥多酸盐保存历史导致可行 DNA 提取的成功率存在很大差异，因此有必要对其在遗传学研究中的有用性进行评估。使用锚定混合富集探针，我们对 2 个博物馆的样本进行了 DNA 测序，其中 48 个来自美国纽约市的美国自然历史博物馆 (AMNH)，46 个来自荷兰莱顿的 Naturalis 生物多样性中心 (RMNH)，这些样本来自全球收藏地点，跨度为 120 年。我们从所有样本的 > 1,000 个基因座探针集中恢复了至少 4 个基因座，平均捕获约 385 个基因座（当省略模糊类群的进化枝时，平均捕获 539 个基因座）。标本年龄和大小都不是轨迹捕获的良好预测因素，但博物馆之间的重新捕获率存在显着差异。 AMNH 的样本总体位点捕获率低于 RMNH，这可能是由于样本储存随时间的差异所致。
The use of gDNAs isolated from museum specimens for high throughput sequencing, especially targeted sequencing in the context of phylogenetics, is a common practice. Yet, little understanding has been focused on comparing the quality of DNA and results of sequencing museum DNAs. Dragonflies and damselflies are ubiquitous in freshwater ecosystems and are commonly collected and preserved insects in museum collections hence their use in this study. However, the history of odonate preservation across time and museums has resulted in wide variability in the success of viable DNA extraction, necessitating an assessment of their usefulness in genetic studies. Using Anchored Hybrid Enrichment probes, we sequenced DNA from samples at 2 museums, 48 from the American Museum of Natural History (AMNH) in NYC, USA and 46 from the Naturalis Biodiversity Center (RMNH) in Leiden, Netherlands ranging from global collection localities and across a 120-year time span. We recovered at least 4 loci out of an >1,000 locus probe set for all samples, with the average capture being ~385 loci (539 loci on average when a clade of ambiguous taxa omitted). Neither specimen age nor size was a good predictor of locus capture, but recapture rates differed significantly between museums. Samples from the AMNH had lower overall locus capture than the RMNH, perhaps due to differences in specimen storage over time.
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