A biofoundry workflow for the identification of genetic determinants of microbial growth inhibition.
A biofoundry workflow for the identification of genetic determinants of microbial growth inhibition.
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DOI：
10.1093/synbio/ysab004
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Carrasco Lopez JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Moffat AD;Elliston A;Patron NJ;Truman AW;Carrasco Lopez JA
Biofoundries将高通量软件和硬件平台与合成生物学方法集成在一起，以实现大规模实验的设计，执行和分析。在分子生物学和自动化编程方面，实验室基础设施和专业知识的独特而强大的组合为广泛的工作流程和研究领域提供了灵活的资源。在这里，我们展示了生物铸造在分子微生物学中的适用性，描述了自动化工作流程的开发和应用，以确定从马铃薯田分离的假单胞菌菌株对植物病原体疥疮链霉菌生长抑制的遗传基础。将转座子诱变与自动化高通量拮抗试验相结合，该工作流程在2周内加快了2880个突变体的筛选，以将生长抑制与生物合成基因簇联系起来。
Biofoundries integrate high-throughput software and hardware platforms with synthetic biology approaches to enable the design, execution and analyses of large-scale experiments. The unique and powerful combination of laboratory infrastructure and expertise in molecular biology and automation programming, provide flexible resources for a wide range of workflows and research areas. Here, we demonstrate the applicability of biofoundries to molecular microbiology, describing the development and application of automated workflows to identify the genetic basis of growth inhibition of the plant pathogen Streptomyces scabies by a Pseudomonas strain isolated from a potato field. Combining transposon mutagenesis with automated high-throughput antagonistic assays, the workflow accelerated the screening of 2880 mutants to correlate growth inhibition with a biosynthetic gene cluster within 2 weeks.
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