Microarrays, deep sequencing and the true measure of the transcriptome.
Microarrays, deep sequencing and the true measure of the transcriptome.
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DOI：
10.1186/1741-7007-9-34
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发表时间：
2011-05-31
期刊：
影响因子：
5.4
通讯作者：
Oliver B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Malone JH;Oliver B
微阵列首先使转录组分析成为可能，并产生了许多重要的信息。然而，今天，研究人员越来越多地转向直接高通量测序- RNA-Seq -它在检查转录组精细结构方面具有相当大的优势-例如在检测等位基因特异性表达和剪接点方面。在本文中，我们将讨论这两种技术的相对优点，每种技术的固有偏差，以及是否需要使用新技术重新审视所有大量的阵列工作。我们的结论是，微阵列仍然是测量表达水平的有用和准确的工具，RNA-Seq补充和扩展微阵列测量。
Microarrays first made the analysis of the transcriptome possible, and have produced much important information. Today, however, researchers are increasingly turning to direct high-throughput sequencing - RNA-Seq - which has considerable advantages for examining transcriptome fine structure - for example in the detection of allele-specific expression and splice junctions. In this article, we discuss the relative merits of the two techniques, the inherent biases in each, and whether all of the vast body of array work needs to be revisited using the newer technology. We conclude that microarrays remain useful and accurate tools for measuring expression levels, and RNA-Seq complements and extends microarray measurements.
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使用不同微阵列平台生成的预测特征基因和分类器的一致性
DOI：
10.1038/tpj.2010.34
发表时间：
2010-08
期刊：
The pharmacogenomics journal
影响因子：
--
作者：
Fan X;Lobenhofer EK;Chen M;Shi W;Huang J;Luo J;Zhang J;Walker SJ;Chu TM;Li L;Wolfinger R;Bao W;Paules RS;Bushel PR;Li J;Shi T;Nikolskaya T;Nikolsky Y;Hong H;Deng Y;Cheng Y;Fang H;Shi L;Tong W
通讯作者：
Tong W
影响因子：
14.9
作者：
Hansen KD;Brenner SE;Dudoit S
通讯作者：
Dudoit S
影响因子：
56.9
作者：
Golub, TR;Slonim, DK;Lander, ES
通讯作者：
Lander, ES
影响因子：
56.9
作者：
Kapranov, Philipp;Cheng, Jill;Gingeras, Thomas R.
通讯作者：
Gingeras, Thomas R.
影响因子：
64.8
作者：
Graveley BR;Brooks AN;Carlson JW;Duff MO;Landolin JM;Yang L;Artieri CG;van Baren MJ;Boley N;Booth BW;Brown JB;Cherbas L;Davis CA;Dobin A;Li R;Lin W;Malone JH;Mattiuzzo NR;Miller D;Sturgill D;Tuch BB;Zaleski C;Zhang D;Blanchette M;Dudoit S;Eads B;Green RE;Hammonds A;Jiang L;Kapranov P;Langton L;Perrimon N;Sandler JE;Wan KH;Willingham A;Zhang Y;Zou Y;Andrews J;Bickel PJ;Brenner SE;Brent MR;Cherbas P;Gingeras TR;Hoskins RA;Kaufman TC;Oliver B;Celniker SE
通讯作者：
Celniker SE