GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research--an update.
GenAlEx 6.5: genetic analysis in Excel. Population genetic software for teaching and research--an update.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts460
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发表时间：
2012-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Smouse PE
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Peakall R;Smouse PE
摘要： GenAlEx：Excel 中的遗传分析是一个在 Microsoft Excel 中运行的用于群体遗传分析的跨平台软件包。 GenAlEx 提供二倍体共显性、单倍体和二元遗传位点和 DNA 序列的分析。提供基于频率（F 统计、杂合性、HWE、总体分配、相关性）和基于距离（AMOVA、PCoA、Mantel 检验、多元空间自相关）的分析。新功能包括通过 AMOVA 计算新的群体结构估计量：G′ST、G′′ST、Jost’s Dest 和 F′ST、香农信息分析、双等位数据的连锁不平衡分析以及空间自相关分析的新颖异质性测试。提供导出为 30 多种其他数据格式。包括教学教程和扩展的逐步输出选项。综合指南已全面修订。可用性和实施：GenAlEx 用 VBA 编写，并作为 Microsoft Excel 插件提供（与 PC 上的 Excel 2003、2007、2010 兼容；Macintosh 上的 Excel 2004、2011）。 GenAlEx 以及支持文档和教程可免费获取：http://biology.anu.edu.au/GenAlEx。联系方式： rod.peakall@anu.edu.au
Summary: GenAlEx: Genetic Analysis in Excel is a cross-platform package for population genetic analyses that runs within Microsoft Excel. GenAlEx offers analysis of diploid codominant, haploid and binary genetic loci and DNA sequences. Both frequency-based (F-statistics, heterozygosity, HWE, population assignment, relatedness) and distance-based (AMOVA, PCoA, Mantel tests, multivariate spatial autocorrelation) analyses are provided. New features include calculation of new estimators of population structure: G′ST, G′′ST, Jost’s Dest and F′ST through AMOVA, Shannon Information analysis, linkage disequilibrium analysis for biallelic data and novel heterogeneity tests for spatial autocorrelation analysis. Export to more than 30 other data formats is provided. Teaching tutorials and expanded step-by-step output options are included. The comprehensive guide has been fully revised. Availability and implementation: GenAlEx is written in VBA and provided as a Microsoft Excel Add-in (compatible with Excel 2003, 2007, 2010 on PC; Excel 2004, 2011 on Macintosh). GenAlEx, and supporting documentation and tutorials are freely available at: http://biology.anu.edu.au/GenAlEx. Contact: rod.peakall@anu.edu.au
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