The rat vitamin-D-dependent calcium-binding protein (9-kDa CaBP) gene. Complete nucleotide sequence and structural organization.
The rat vitamin-D-dependent calcium-binding protein (9-kDa CaBP) gene. Complete nucleotide sequence and structural organization.
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大鼠维生素 D 依赖性钙结合蛋白 (9-kDa CaBP) 基因。
DOI：
10.1111/j.1432-1033.1988.tb13853.x
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发表时间：
1988
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
M. Thomasset
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
C. Perret;N. Lomri;N. Gouhier;C. Auffray;M. Thomasset
利用大鼠9-kDa CaBP cDNA对从大鼠基因组文库中分离的重叠基因组克隆进行分析，确定了整个大鼠维生素d依赖性钙结合蛋白（9-kDa CaBP）基因的结构组织[Desplan C., Heidmann O., Lillie J., Auffray C.和Thomasset M. (1983) J. Biol.]。化学通报，1999,11(2):1 - 3。这些克隆总共跨越了30 kbp的大鼠基因组DNA，其中9 kda的CaBP基因位于中间。9-kDa CaBP基因长2.5 kbp，包含三个被两个内含子打断的外显子。第一个外显子几乎包含了整个5'未翻译区。第二个外显子编码钙结合位点I，第三个外显子编码位点II和3'未翻译区。因此，每个钙结合域都是由单个单独的外显子编码的。通过S1核酸酶定位和引物延伸鉴定了转录起始位点。公认的序列TATAAA位于帽位上游31bp处，而“CCAAT-box”位于转录起点上游。单个（AC）25和（AG）23重复序列与alu样序列一起存在于第二个内含子中。重复元件出现在帽位上游5kbp和3'侧翼区域。比较已知的大鼠CaBP序列（9-kDa CaBP, 28-kDa CaBP， S100蛋白）表明，9-kDa CaBP与S100蛋白的关系比与28-kDa CaBP的关系更密切。没有证据表明9-kDa的CaBP是从28-kDa的CaBP产生的。
The structural organization of the entire rat vitamin-D-dependent calcium-binding protein (9-kDa CaBP) gene was determined by analysis of overlapping genomic clones isolated from a rat genomic library using the rat 9-kDa CaBP cDNA [Desplan C., Heidmann O., Lillie J., Auffray C. and Thomasset M. (1983) J. Biol. Chem. 258, 13502-13505]. These clones together span 30 kbp of rat genomic DNA, with the rat 9-kDa CaBP gene lying in the middle. The 9-kDa CaBP gene is 2.5 kbp long and contains three exons interrupted by two introns. The first exon contains almost the entire 5' untranslated region. The second exon codes for the calcium-binding site I, the third exon codes for site II and the 3' untranslated region. Therefore each of the calcium-binding domains is encoded by single, separate exons. The transcription initiation site was identified by S1 nuclease mapping and primer extension. A consensus sequence TATAAA is localized 31 bp upstream from the cap site and the 'CCAAT-box' lies upstream from the transcription start. Single (AC)25 and (AG)23 repeats are present in the second intron together with an Alu-like sequence. Repetitive elements are present 5 kbp upstream from the cap site and in the 3' flanking region. Comparison of the known rat CaBP sequences (9-kDa CaBP, 28-kDa CaBP, S100 protein) shows that the 9-kDa CaBP is more closely related to the S100 protein than to the 28-kDa CaBP. There is no evidence to indicate that 9-kDa CaBP has arisen from the 28-kDa CaBP.
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