Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes.
Metagenomic microbial community profiling using unique clade-specific marker genes.
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DOI：
10.1038/nmeth.2066
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发表时间：
2012-06-10
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Huttenhower, Curtis
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Segata, Nicola;Waldron, Levi;Ballarini, Annalisa;Narasimhan, Vagheesh;Jousson, Olivier;Huttenhower, Curtis
宏基因组鸟枪测序数据可以识别微生物群落中的微生物及其比例，但现有的分类学分析方法对于越来越大的数据集效率低下。我们提出了一种方法，该方法使用进化枝特异性标记基因来明确地将读段分配给微生物进化枝，比目前的方法更准确，速度快50倍以上。我们验证了MetaPhlAn在短读段的terabases上的有效性，并提供了迄今为止人类肠道最大的宏基因组分析。
Metagenomic shotgun sequencing data can identify microbes populating a microbial community and their proportions, but existing taxonomic profiling methods are inefficient for increasingly large datasets. We present an approach that uses clade-specific marker genes to unambiguously assign reads to microbial clades more accurately and >50× faster than current approaches. We validated MetaPhlAn on terabases of short reads and provide the largest metagenomic profiling to date of the human gut
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影响因子：
64.8
作者：
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--
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作者：
Bohlin, Jon;Snipen, Lars;Godfroid, Jacques
通讯作者：
Godfroid, Jacques
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Arumugam, Manimozhiyan;Raes, Jeroen;Pelletier, Eric;Le Paslier, Denis;Yamada, Takuji;Mende, Daniel R.;Fernandes, Gabriel R.;Tap, Julien;Bruls, Thomas;Batto, Jean-Michel;Bertalan, Marcelo;Borruel, Natalia;Casellas, Francesc;Fernandez, Leyden;Gautier, Laurent;Hansen, Torben;Hattori, Masahira;Hayashi, Tetsuya;Kleerebezem, Michiel;Kurokawa, Ken;Leclerc, Marion;Levenez, Florence;Manichanh, Chaysavanh;Nielsen, H. Bjorn;Nielsen, Trine;Pons, Nicolas;Poulain, Julie;Qin, Junjie;Sicheritz-Ponten, Thomas;Tims, Sebastian;Torrents, David;Ugarte, Edgardo;Zoetendal, Erwin G.;Wang, Jun;Guarner, Francisco;Pedersen, Oluf;de Vos, Willem M.;Brunak, Soren;Dore, Joel;Weissenbach, Jean;Ehrlich, S. Dusko;Bork, Peer
通讯作者：
Bork, Peer
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通讯作者：
Kyrpides, Nikos C.
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作者：
Cole JR;Wang Q;Cardenas E;Fish J;Chai B;Farris RJ;Kulam-Syed-Mohideen AS;McGarrell DM;Marsh T;Garrity GM;Tiedje JM
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Tiedje JM