Testing the hypothesis of a recombinant origin of the SARS-associated coronavirus.
Testing the hypothesis of a recombinant origin of the SARS-associated coronavirus.
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DOI：
10.1007/s00705-004-0413-9
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发表时间：
2005-01
影响因子：
2.7
通讯作者：
Danchin A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang XW;Yap YL;Danchin A
严重急性呼吸综合征相关冠状病毒(SARS-CoV)的起源仍然是一个猜测的问题，尽管SARS暴发已经过去了一年多。在这项研究中，我们实施了一个分三步走的策略来检验这一有趣的假设，即SARS-CoV可能来自重组病毒。首先，我们将SARS-CoV的整个基因组与病毒数据库进行比对，以寻找感兴趣的病毒。其次，我们使用了7种成功检测重组事件的重组检测技术来探索SARS-CoV基因组中重组的存在。最后，我们进行了系统发育分析，以进一步探讨在SARS-CoV出现之前的冠状病毒历史过程中是否确实发生了重组。令人惊讶的是，我们发现SARS冠状病毒与其他6种冠状病毒之间存在7个可能的重组区，它们位于Replicase 1AB和Spike蛋白上：猪流行性腹泻病毒(PEDV)、传染性胃肠炎病毒(TGEV)、牛冠状病毒(BCOV)、人冠状病毒229E(HCoV)、小鼠肝炎病毒(MHV)和禽传染性支气管炎病毒(IBV)。因此，我们的分析证实了历史上导致SARS-CoV基因组的重组事件的存在。与分析中使用的其他冠状病毒一样，SARS-CoV也是一个马赛克结构。
The origin of severe acute respiratory syndrome-associated corona-virus (SARS-CoV) is still a matter of speculation, although more than one year has passed since the onset of the SARS outbreak. In this study, we implemented a 3-step strategy to test the intriguing hypothesis that SARS-CoV might have been derived from a recombinant virus. First, we blasted the whole SARS-CoV genome against a virus database to search viruses of interest. Second, we employed 7 recombination detection techniques well documented in successfully detecting recombination events to explore the presence of recombination in SARS-CoV genome. Finally, we conducted phylogenetic analyses to further explore whether recombination has indeed occurred in the course of coronaviruses history predating the emergence of SARS-CoV. Surprisingly, we found that 7 putative recombination regions, located in Replicase 1ab and Spike protein, exist between SARS-CoV and other 6 coronaviruses: porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), transmissible gastroenteritis virus (TGEV), bovine coronavirus (BCoV), human coronavirus 229E (HCoV), murine hepatitis virus (MHV), and avian infectious bronchitis virus (IBV). Thus, our analyses substantiate the presence of recombination events in history that led to the SARS-CoV genome. Like the other coronaviruses used in the analysis, SARS-CoV is also a mosaic structure.
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作者：
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通讯作者：
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