Nucleic acid-specific photoactivation of oligodeoxyribonucleotides labeled with deuterated dihydro-N,N,N′,N′-tetramethylrhodamine using green light
Nucleic acid-specific photoactivation of oligodeoxyribonucleotides labeled with deuterated dihydro-N,N,N′,N′-tetramethylrhodamine using green light
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使用绿光对氘代二氢-N,N,N,N-四甲基罗丹明标记的寡脱氧核糖核苷酸进行核酸特异性光活化
DOI：
--
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发表时间：
2014
影响因子：
2.3
通讯作者：
A. Mokhir
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Margot Schikora;S. Dutta;A. Mokhir
我们开发了一种简单的方案，用于高产量地合成氘代二氢-N，N，N′，N′-四甲基罗丹明（F*）与寡脱氧核糖核苷酸和2′-OMe RNA（一种代表性的抗核酸酶的化学修饰的寡核苷酸）的缀合物，使用容易获得的起始材料，包括NaBD 4和寡核苷酸与N，N，N′，N′-四甲基罗丹明（F）的缀合物。发现这些化合物在空气中是稳定的，并且对525、635和650 nm的光不敏感，而当它们暴露于470 nm的光时发生缓慢活化。然而，在模板化反应的条件下，在靶核酸和基于曙红结构的光催化剂的存在下，F* 被氧化形成荧光F。该反应比不存在模板的背景反应快>30倍。此外，靶核酸中单个错配的存在使模板化反应减慢八倍。这些可活化染料可以潜在地作为核酸特异性探针用于活细胞中的超分辨率成像。
We developed a simple protocol for high-yielding synthesis of conjugates of a deuterated dihydro-N,N,N′,N′-tetramethylrhodamine (F*) with oligodeoxyribonucleotides and a 2′-OMe RNA (a representative nuclease-resistant, chemically modified oligonucleotide) using easily accessible starting materials including NaBD4 and conjugates of oligonucleotides with N,N,N′,N′-tetramethylrhodamine (F). These compounds were found to be stable in air and insensitive to light at 525, 635 and 650 nm, whereas slow activation occurs upon their exposure to 470 nm light. However, at the conditions of the templated reaction, in the presence of a target nucleic acid and a photocatalyst based on the eosin structure, the F* is oxidized forming fluorescent F. This reaction is >30-fold faster than the background reaction in the absence of the template. Moreover, the presence of a single mismatch in the target nucleic acid slows down the templated reaction by eightfold. These activatable dyes can potentially find applications as nucleic acid-specific probes for super-resolution imaging in live cells.
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DOI：
10.1039/c0cc00744g
发表时间：
2010
期刊：
Chemical communications (Cambridge, England)
影响因子：
--
作者：
Fulop,Annabelle;Peng,Xiaohua;Greenberg,MarcM;Mokhir,Andriy
通讯作者：
Mokhir,Andriy
影响因子：
7.4
作者：
Bilski, P;Belanger, AG;Chignell, CF
通讯作者：
Chignell, CF
影响因子：
16.6
作者：
Kundu, Kousik;Knight, Sarah F.;Lee, Seungjun;Taylor, W. Robert;Murthy, Niren
通讯作者：
Murthy, Niren
影响因子：
15
作者：
Lord, Samuel J.;Conley, Nicholas R.;Moerner, W. E.
通讯作者：
Moerner, W. E.