HeartCV: a tool for transferrable, automated measurement of heart rate and heart rate variability in transparent animals.
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DOI：
10.1242/jeb.244729
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发表时间：
2022-10-01
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心脏功能是整个有机体生理学的关键组成部分。生物成像通常（但并非唯一）用于量化透明个体的心脏功能，包括水生动物的早期发育阶段，其中许多是透明的。然而，许多成像相关方法的一个主要限制是物种、生活史阶段和实验方法之间缺乏可转移性。此外，定位移动个体的心脏仍然具有挑战性。在这里，我们介绍 HeartCV：一个开源 Python 包，用于自动测量心率和心率变异性，集成了自动定位功能，并且可以在广泛的物种之间转移。我们通过将 HeartCV 的输出与对具有对比心脏形态的许多非常不同的物种进行的手动测量进行比较来证明 HeartCV 的功效。最后，我们展示了该软件对不同实验方法和不同数据集类型的适用性，例如与纵向研究相对应的数据集类型。摘要：HeartCV 是一个开源 Python 包，可以自动测量多种物种、生命史阶段和实验设计的心律特征。
Heart function is a key component of whole-organismal physiology. Bioimaging is commonly, but not exclusively, used for quantifying heart function in transparent individuals, including early developmental stages of aquatic animals, many of which are transparent. However, a central limitation of many imaging-related methods is the lack of transferability between species, life-history stages and experimental approaches. Furthermore, locating the heart in mobile individuals remains challenging. Here, we present HeartCV: an open-source Python package for automated measurement of heart rate and heart rate variability that integrates automated localization and is transferrable across a wide range of species. We demonstrate the efficacy of HeartCV by comparing its outputs with measurements made manually for a number of very different species with contrasting heart morphologies. Lastly, we demonstrate the applicability of the software to different experimental approaches and to different dataset types, such as those corresponding to longitudinal studies. Summary: HeartCV is an open-source Python package that can automatically measure cardiac rhythm traits in a wide range of species, life history stages and experimental designs.
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