PRI-CAT: a web-tool for the analysis, storage and visualization of plant ChIP-seq experiments.
PRI-CAT: a web-tool for the analysis, storage and visualization of plant ChIP-seq experiments.
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DOI：
10.1093/nar/gkr373
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
van Dijk AD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Muiño JM;Hoogstraat M;van Ham RC;van Dijk AD
尽管最近已经发布了几种用于分析染色质免疫沉淀测序（ChIP - seq）数据的工具，但特别是在植物研究领域，对于能够在一个单一的、用户友好的环境中处理、分析、存储、可视化以及整合此类数据的计算资源的需求日益增长。为了满足这一需求，我们开发了PRI - CAT（植物科学国际研究中心染色质免疫沉淀测序分析工具），这是一种基于网络的工作流程工具，用于管理和分析染色质免疫沉淀测序实验。PRI - CAT目前专注于拟南芥，但在不久的将来会扩展到其他植物物种。用户可以直接将他们的测序数据提交给PRI - CAT进行自动化分析。一个与基因组浏览器兼容的快速加载服务器被用于DNA结合图谱的存储和可视化。提交的数据集和结果可以通过PRI - CAT公开获取，这一特性将使基于社区的染色质免疫沉淀测序实验的综合分析和可视化成为可能。数据的二次分析可以借助GALAXY（一个用于工具和数据整合的外部框架）来进行。PRI - CAT可在http://www.ab.wur.nl/pricat免费获取，无需登录。
Although several tools for the analysis of ChIP-seq data have been published recently, there is a growing demand, in particular in the plant research community, for computational resources with which such data can be processed, analyzed, stored, visualized and integrated within a single, user-friendly environment. To accommodate this demand, we have developed PRI-CAT (Plant Research International ChIP-seq analysis tool), a web-based workflow tool for the management and analysis of ChIP-seq experiments. PRI-CAT is currently focused on Arabidopsis, but will be extended with other plant species in the near future. Users can directly submit their sequencing data to PRI-CAT for automated analysis. A QuickLoad server compatible with genome browsers is implemented for the storage and visualization of DNA-binding maps. Submitted datasets and results can be made publicly available through PRI-CAT, a feature that will enable community-based integrative analysis and visualization of ChIP-seq experiments. Secondary analysis of data can be performed with the aid of GALAXY, an external framework for tool and data integration. PRI-CAT is freely available at http://www.ab.wur.nl/pricat. No login is required.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq669
发表时间：
2011-02-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Lan X;Bonneville R;Apostolos J;Wu W;Jin VX
通讯作者：
Jin VX
影响因子：
46.9
作者：
Ji, Hongkai;Jiang, Hui;Ma, Wenxiu;Johnson, David S.;Myers, Richard M.;Wong, Wing H.
通讯作者：
Wong, Wing H.
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp472
发表时间：
2009-10-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nicol JW;Helt GA;Blanchard SG Jr;Raja A;Loraine AE
通讯作者：
Loraine AE
影响因子：
48
作者：
Pepke, Shirley;Wold, Barbara;Mortazavi, Ali
通讯作者：
Mortazavi, Ali