Evolving phylogenies of trait-dependent branching with mutation and competition, Part I: Existence
Evolving phylogenies of trait-dependent branching with mutation and competition, Part I: Existence
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具有突变和竞争的性状依赖性分支的进化系统发育，第一部分：存在
DOI：
10.1016/j.spa.2018.07.011
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发表时间：
2019
影响因子：
1.4
通讯作者：
A. Winter
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
S. Kliem;A. Winter
我们提出了一种具有突变和竞争的类型依赖性分支模型，用于对病毒种群的系统发育进行建模。竞争核取决于病毒颗粒的总质量、类型以及通过分隔病毒颗粒的核苷酸取代数量获得的遗传信息。我们考虑了庞大种群、短繁殖时间和频繁突变机制中进化的系统发育，显示了标记度量测度空间的紧密性，并通过鞅问题来表征极限。由于分支率的异质性，系统发育不是超度量的。因此，我们开发了验证紧凑密封性的新技术。
We propose a type-dependent branching model with mutation and competition for modelling phylogenies of a virus population. The competition kernel depends on the total mass, the types of the virus particles, and the genetic information available through the number of nucleotide substitutions separating the virus particles. We consider evolving phylogenies in the huge population, short reproduction time and frequent mutation regime, show tightness in the space of marked metric measure spaces and characterize the limit through a martingale problem. Due to heterogeneity in the branching rates, the phylogenies are not ultra-metric. We therefore develop new techniques for verifying compact containment.
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