Cytofkit: A Bioconductor Package for an Integrated Mass Cytometry Data Analysis Pipeline.
Cytofkit: A Bioconductor Package for an Integrated Mass Cytometry Data Analysis Pipeline.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.1005112
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发表时间：
2016-09
影响因子：
4.3
通讯作者：
Chen J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen H;Lau MC;Wong MT;Newell EW;Poidinger M;Chen J
与荧光流式细胞术相比，单细胞细胞计数术显著增加了细胞计数分析的维度，提供了前所未有的组织细胞多样性分辨率。然而，分析和解释这些高维数据带来了重大的技术挑战。在这里，我们提出了cytofkit，一种新的生物导体包，它集成了最先进的生物信息学方法和内部新颖的算法，为细胞计数数据分析提供了一个全面的工具集。Cytofkit提供了数据预处理、通过线性或非线性降维实现数据可视化、细胞子集自动识别以及细胞子集之间相关性推断等功能。该管道还提供了易于使用的图形用户界面（GUI），以及用于细胞亚群和关键标记的进展概况的交互式可视化的闪亮应用程序（APP）。应用于CD14 - CD19 - PBMCs数据集，cytofkit可以准确识别不同的淋巴细胞亚群；应用于人类CD4+ T细胞数据集，cytofkit发现了跨越血液和扁桃体的多种TFH细胞亚型。Cytofkit是用R语言实现的，使用的是艺术许可2.0，并且可以从Bioconductor网站https://bioconductor.org/packages/cytofkit/免费获得。Cytofkit也适用于流式细胞术数据分析。
Single-cell mass cytometry significantly increases the dimensionality of cytometry analysis as compared to fluorescence flow cytometry, providing unprecedented resolution of cellular diversity in tissues. However, analysis and interpretation of these high-dimensional data poses a significant technical challenge. Here, we present cytofkit, a new Bioconductor package, which integrates both state-of-the-art bioinformatics methods and in-house novel algorithms to offer a comprehensive toolset for mass cytometry data analysis. Cytofkit provides functions for data pre-processing, data visualization through linear or non-linear dimensionality reduction, automatic identification of cell subsets, and inference of the relatedness between cell subsets. This pipeline also provides a graphical user interface (GUI) for ease of use, as well as a shiny application (APP) for interactive visualization of cell subpopulations and progression profiles of key markers. Applied to a CD14−CD19− PBMCs dataset, cytofkit accurately identified different subsets of lymphocytes; applied to a human CD4+ T cell dataset, cytofkit uncovered multiple subtypes of TFH cells spanning blood and tonsils. Cytofkit is implemented in R, licensed under the Artistic license 2.0, and freely available from the Bioconductor website, https://bioconductor.org/packages/cytofkit/. Cytofkit is also applicable for flow cytometry data analysis.
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影响因子：
46.9
作者：
Setty M;Tadmor MD;Reich-Zeliger S;Angel O;Salame TM;Kathail P;Choi K;Bendall S;Friedman N;Pe'er D
通讯作者：
Pe'er D
影响因子：
64.5
作者：
Levine JH;Simonds EF;Bendall SC;Davis KL;Amir el-AD;Tadmor MD;Litvin O;Fienberg HG;Jager A;Zunder ER;Finck R;Gedman AL;Radtke I;Downing JR;Pe'er D;Nolan GP
通讯作者：
Nolan GP
影响因子：
16.8
作者：
Bendall SC;Nolan GP;Roederer M;Chattopadhyay PK
通讯作者：
Chattopadhyay PK
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.1321405111
发表时间：
2014-01-07
影响因子：
11.1
作者：
Shekhar, Karthik;Brodin, Petter;Chakraborty, Arup K.
通讯作者：
Chakraborty, Arup K.