Counting mutagenized genomes and optimizing genetic screens in Caenorhabditis elegans.
Counting mutagenized genomes and optimizing genetic screens in Caenorhabditis elegans.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0001117
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发表时间：
2007-11-07
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Shaham S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shaham S
在遗传筛选中，检测的突变配子数量是评估筛选进展、给定可变表型的基因数量、基因大小、成本和劳动的重要参数。由于遗传筛选通常需要检查数千或数万只动物，因此优化遗传筛选的策略对于最小化工作同时最大化检查的突变配子数量非常重要。迄今为止，这种策略还没有被描述为秀丽隐杆线虫的遗传筛选。在这里，我们回顾了秀丽隐杆线虫遗传筛选的一般原则，并使用改进的二项策略来获得遗传筛选中检查的突变配子数量的一般表达。我们使用这个表达式来计算大范围遗传筛选类型的最佳筛选参数。此外，我们开发了一个简单的在线遗传筛选优化工具，可以独立于本文使用。我们的研究结果表明，选择最佳的f2 - f1筛选比可以显著提高筛选效率。
In genetic screens, the number of mutagenized gametes examined is an important parameter for evaluating screen progress, the number of genes of a given mutable phenotype, gene size, cost, and labor. Since genetic screens often entail examination of thousands or tens of thousands of animals, strategies for optimizing genetics screens are important for minimizing effort while maximizing the number of mutagenized gametes examined. To date, such strategies have not been described for genetic screens in the nematode Caenorhabditis elegans. Here we review general principles of genetic screens in C. elegans, and use a modified binomial strategy to obtain a general expression for the number of mutagenized gametes examined in a genetic screen. We use this expression to calculate optimal screening parameters for a large range of genetic screen types. In addition, we developed a simple online genetic-screen-optimization tool that can be used independently of this paper. Our results demonstrate that choosing the optimal F2-to-F1 screening ratio can significantly improve screen efficiency.
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影响因子：
64.8
作者：
BENIAN, GM;KIFF, JE;WATERSTON, RH
通讯作者：
WATERSTON, RH
影响因子：
64.5
作者：
LEE, RC;FEINBAUM, RL;AMBROS, V
通讯作者：
AMBROS, V
DOI：
10.1007/bf00272158
发表时间：
1991-10-01
期刊：
MOLECULAR AND GENERAL GENETICS
影响因子：
--
作者：
PASTINK, A;HEEMSKERK, E;VOGEL, EW
通讯作者：
VOGEL, EW
DOI：
10.1073/pnas.81.20.6271
发表时间：
1984-01-01
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA-BIOLOGICAL SCIENCES
影响因子：
--
作者：
LOECHLER, EL;GREEN, CL;ESSIGMANN, JM
通讯作者：
ESSIGMANN, JM